seqkit amplicon only keeps one amplicon
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 38/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- go
- Lĩnh vực
- bioinformatics, cli
Hướng nghiên cứu
Start with the seqkit amplicon command and trace how it selects the largest amplicon for each primer pair. Define the behavior for retaining all valid amplicons and producing a BED file with their start and end bases in columns 2 and 3. Done means users can inspect every valid pair and choose a different amplicon.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Hi,
In version 0.15.0 seqkit amplicon only keeps one amplicon (the largest) per primer pair. I don't always care about the largest amplicon.
Would it be possible to implement the feature of keeping all valid amplicons? A bed file with the start and end bases (columns 2 and 3) of all valid pairs would be fantastic. That would permit me to inspect the amplicons and keep the one I want (in my case, the smallest amplicon over a certain threshold).
Thanks
- Ngôn ngữ chính
- Go
- Star
- 1.6k
- Fork
- 188
- Merge trung bình
- 5 ngày 12 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Không có hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của shenwei356/seqkit
-
convert: no range check between Phred encodings, so a wrong --from writes a broken FASTQ (exit 0)Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
shenwei356/seqkit#612 · 1 bình luận ·
-
common, pair, split, split2: lost or changed data with exit 0, and inputs deleted by -O / -fĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
shenwei356/seqkit#620 ·
-
sliding, merge-slides, mutate, translate, replace: panics, lost windows and wrong output with exit 0Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
shenwei356/seqkit#619 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
shenwei356/seqkit#618 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
shenwei356/seqkit#617 ·
Tất cả issue của shenwei356/seqkit
Issue tương tự
-
orchestrator: NFS-cache "cache path is not set" WARN logged on every build/launch instead of onceĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 1/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
influxdata/telegraf#20031 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
pkg/registry/file no longer builds for GOOS=windows: unguarded syscall.Stat_t in qualified_resource_migration.goCó thể đã có người làm @AnshulPatil2005 đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
OneBusAway/maglev#1914 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
bug needs-acceptance wg/data-plane-networking
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
vllm-project/semantic-router#5680 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày