[feat]: get index error distribution from SS3 models

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#471 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
54/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization

Hướng nghiên cứu

Read convert_output() and plot_index() to trace how $cpue becomes the plotted index intervals; the issue does not name source files or tests. Inspect how r4ss::SS_output() provides $survey_error and $survey_units, then decide how that information should be represented in the converted output. Done means index intervals reflect each SS3 error structure, including symmetric intervals for normal errors.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement
Is your feature request related to a problem? Please describe.

Thanks to @ericward-noaa for adding index intervals in https://github.com/nmfs-ost/stockplotr/pull/468/. This is an important feature that is important to be able to interpret the index fits.

One refinement needed in the future is to account for the fact that SS3 has multiple options for error structure for indices:

  • -1=normal;
  • 0=lognormal;
  • 1=lognormal with bias correction;
  • >1=df for T-distribution

Of these, lognormal probably covers at least 95% of models, but the normal error is used for models that include an environmental predictor of recruitment deviations.

The plot below was created loading stockplotr from Eric's fork associated with #468 and running the following code which relies on a petrale sole model with an index of recruitment deviations posted by @okenk. The "env" fleet uses normal error since the index spans zero so the intervals should be symmetric around the points and not tiny for observations close to zero.

petrale <- r4ss::SS_output('https://raw.githubusercontent.com/okenk/recruit_index_sims/refs/heads/main/simulations/petrale/0.2_30/30/em/')
petrale_converted <- convert_output(petrale)
plot_index(petrale_converted, interval = 0.95, module = "cpue")
Image
Describe the solution you would like.

I don't think that convert_output() is currently getting the information on error structure. In Report.sso that's in a separate table from the main table of index output.

Currently, r4ss::SS_output() returns the table $cpue (which is converted and serves the basis for the plots) as well as two vectors $survey_units (which is probably not needed for plotting), and $survey_error, which contains the codes above.

I'm happy to modify r4ss::SS_output() to merge those vectors into $cpue so that units and error were just additional columns. These would then need to be somehow integrated into the table created by convert_output(), ideally in a format that is similar to what FIMS will use to store index error structure assuming that in the future there will be additional uncertainty options beyond the current ~ dlnorm() option.

Describe alternatives you have considered

stockplotr::convert_output() could also do the merging of the separate SS3 tables

Additional context

No response

Ngôn ngữ chính
R
Star
20
Fork
10
Merge trung bình
3 ngày 8 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
31

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nmfs-ost/stockplotr

Tất cả issue của nmfs-ost/stockplotr

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.