Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

update SS3 tests

Đã đóng
  • Có gì không ổn?
#441 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày

Một pull request liên quan đã được merge.

  • #427 của @Schiano-NOAA — đã merge

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
testing

Hướng nghiên cứu

Start with tests/testthat/test-convert_output.R, tests/testthat/fixtures/prepare_ss3_output_files.R, and the models in tests/testthat/fixtures/ss3_models. Compare the current r4ss::SS_output() workflow with the existing fixtures and tests, then decide where current SS3 outputs should live and how they should be prepared. Done means the tests cover all fixture models and save_all_plots() on their outputs; an open linked pull request indicates work is already underway.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Inspired by a conversation with @kellijohnson-NOAA yesterday, I've been trying out stockplotr with some SS3 models.
The package is making fast progress but there are still areas where I'm getting errors, and I think improving the tests would be a good first step to sorting out the issues.

Here are a few ways that the tests could be improved:

  • convert_output() now uses the output from r4ss::SS_output() but test-convert_output.R is still using the old method of parsing Report.sso and not testing the full set of test models in /tests/testthat/fixtures/ss3_models,
  • the Report.sso files in that fixtures folder are from 2024 and are out of date,
  • it would be good to integrate testing of the current r4ss::SS_output() into the tests of either stockplotr or r4ss, and
  • it would be good to test save_all_plots() on the output from the all of the SS3 test models, not just the example data.

The part that I'm not sure about is what should be dynamic and what files should be stored where. Here are a few options

  1. Run r4ss::SS_output() in https://github.com/nmfs-ost/stockplotr/blob/main/tests/testthat/fixtures/prepare_ss3_output_files.R and save the resulting list as a .rds or .rda to use instead of Report.sso
  2. Add more SS3 output files (like CompReport.sso which contains all the composition data) to fixtures/ss3_models and run the r4ss::SS_output() as a step in the testing process
  3. Add more SS3 output files to https://github.com/nmfs-ost/ss3-test-models instead of stockplotr and remove the files from fixtures/ss3_models

The 3rd option has the benefit of reducing the size of the stockplotr repo as well as always relying on the current SS3 files and the current version of r4ss. Adding r4ss to the 'Suggests:' field within DESCRIPTION will make it available for the tests without requiring all users to install it and its dependencies. Let me know what you think and I'm happy to work on a pull request if that would be helpful.

Ngôn ngữ chính
R
Star
20
Fork
10
Merge trung bình
3 ngày 19 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
23

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nmfs-ost/stockplotr

Tất cả issue của nmfs-ost/stockplotr

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.