Nihon Kohden V2.0 support

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#14,502 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with mne-io/nihon/nihon.py and trace how read_raw_nihon chooses the legacy parser; the issue identifies the uint32 at offset 0x3EE as a format discriminator. Reproduce with an EEG-1200A high-density file and compare channel count and duration against the expected results. Done means the reader handles the extended block chain correctly or raises NotImplementedError instead of silently returning incorrect data.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

BUG
Description of the problem

Currently, mne-python's nihon kohden file reader read_raw_nihon silently mis-parses high-density EEG-1200A files. These have an extended block layout on disk.

#13448 enabled the EEG-1200A V01.00 device string in mne-io/nihon/nihon.py but no parser for the file layout exists. The data is stored in an extended block chain. The current low-density parsing path reads the legacy data block, whose channel-count byte usually for just channel.

The result: mne.io.read_raw_nihon() accepts these files and returns a one-channel Raw object with the wrong duration. No warning or error.

How the layout differs (verified against real files)
  • A uint32 at file offset 0x3EE is 0 on every V1 file inspected, and
    points to an extended-block chain on every EEG-1200A high-density file
    inspected. It is a reliable discriminator; the device string is not (the
    same string also appears on files that must keep the V1 path).
Proposed fixes, two options:
  1. safety - raise NotImplementedError when we detect the extend-block chain format.
  2. Add extended block support. I have a working fix which is about 100 lines long which has been tested on real files. These are compared with NK's own EDF export files and are bit-for-bit matches. (This also covers a silent scaling bug which I will submit separately.) I will also submit a document with my current understanding of the file format if that is desired.
additions to mne-testing-data

I have prepared a few small file examples of the extended block format which have no patient data in them. I would be able to submit them for including in the mne-python test data. These files also caught a couple of bugs in the version 1 format parsing path.

Steps to reproduce
create a `EEG-1200A V01.00` file on an NK acquisition machne. with this amplifier. call name the stem of the file name XXXX. So have {"XXXX.eeg", "XXXX.21e", "XXXX.log", "XXXX.pnt"


import mne
raw = mne.io.read_raw_nihon("XXXX.eeg", preload=False)
print(raw.info["nchan"], raw.n_times)   # 1 channel, wrong length; no error
Link to data

Here is a link to three small studies data files on google drive

Expected results

I will put the outputs of expected results here with the test files as the generic result using the example above is not meaningful.

Actual results

ditto

Additional information

This is being tested on ubuntu 22.04, 24.01 and mac OS 27

Ngôn ngữ chính
Python
Star
3.6k
Fork
1.6k
Merge trung bình
1 ngày 18 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
71

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của mne-tools/mne-python

Tất cả issue của mne-tools/mne-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.