rerun cell with datafame make memory leak

Đang mở
#1,391 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
jupyter, pandas, python
Lĩnh vực
performance

Hướng nghiên cứu

Tái hiện mức tăng bộ nhớ được báo cáo trong một Jupyter kernel bằng cách sử dụng dataframe Python được cung cấp và các cell df_temp.head() lặp lại, sau đó so sánh với các phiên bản gọi copy(deep=True). Điều tra cách kernel xử lý đầu ra dataframe được hiển thị; được xem là hoàn tất khi việc thực thi lặp lại không còn gây ra mức tăng bộ nhớ được giữ lại như đã báo cáo, cùng với một regression test cho việc tái hiện.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

env

use vscode remote-ssh connect to debian server and use the jupyter

debian12
vscode=Version: 1.99.0
python=3.10
ipykernal=6.29.5
pandas=2.2.3

replay

create a big dataframe

import pandas as pd
import numpy as np

np.random.seed(0)
num_rows = 10000000  
num_cols = 10  
# create the random number
data = np.random.randint(0, 100, size=(num_rows, num_cols))
df = pd.DataFrame(data, columns=[f'col_{i}' for i in range(num_cols)])

monitor the memory use

%load_ext ipython_memory_usage
%imu_start

when rerun the cell below ,momery will used increasing

df_temp = df.copy(deep=True)
df_temp.head()

in my computer,the result like

[Out] In [4] used 763.6 MiB RAM in 0.55s (system mean cpu 40%, single max cpu 100%), peaked 0.0 MiB above final usage, current RAM usage now 1632.0 MiB

[Out] In [5] used 763.0 MiB RAM in 0.55s (system mean cpu 19%, single max cpu 100%), peaked 0.0 MiB above final usage, current RAM usage now 2394.9 MiB

[Out] In [6] used 763.1 MiB RAM in 0.55s (system mean cpu 25%, single max cpu 100%), peaked 0.0 MiB above final usage, current RAM usage now 3158.0 MiB

try to solve

After many tries , I find the main reason is df_temp.head() ;
If rerun df_temp = df.copy(deep=True) ,the used memory doesn't increase;

If change the code to

df_snapshot_test = df_snapshot.copy(deep=True)
df_snapshot_test.head().copy(deep=True)

rerun will not increase memory too;

I have try

import gc
gc.collect()  

or

from IPython.display 
import clear_output

both can't free the memory

another similar issuse

Ngôn ngữ chính
Python
Star
734
Fork
411
Merge trung bình
1 ngày 2 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
9

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ipython/ipykernel

Tất cả issue của ipython/ipykernel

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.