Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

MBON Pole to Pole example

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#45 2 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

@MathewBiddle đang làm issue này rồi.

Từ ngày 4/10/2023.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

Notebook idea
  • What is language(s) for used in the example?
    R , maybe Python?
  • Is it focused on a particular module/software or an IOOS data service?
    IOOS data service
  • Can you provide a minimum example of the expected code and results in a notebook?

Please provide a detailed description of the suggested example below:
I'm not quite sure yet what we want to show, but MBON Pole to Pole has a bunch of data in OBIS. Maybe we can use the OBIS API to grab the data?

Using the existing R library would probably be a more effective use of our time, and more applicable to the biology folks.

I did find pyobis. It looks like that was last contributed to in 2017, so it might be out of date, but it could be worth exploring.

Access the data including the extended measurement or facts tables from OBIS API.

In the API occurrence endpoint the mof parameter (true/false) has been added which determines if MeasurementOrFact records are included in the results or not. In addition, filters have been added to find data with specific measurement types, values or units. For now this is a simple text search and does not yet take into account relationships between vocabulary terms.

For example, this request finds mollusc occurrences with biomass measurements: https://api.obis.org/occurrence?scientificname=Mollusca&measurementtype=biomass&mof=true

To get MeasurementOrFact support in the R package, please install the latest version from GitHub (version 2.2.0 or above).

See 279acdb

Some additional information about the obis api. Here is a list of all the measurements or facts currently in OBIS: https://reports.obis.org/moftypes/

If you are interested in seeing which dataset have a particular measurement you can get that from the API using the measurementTypeID- here is an example:
https://api.obis.org/dataset?measurementtypeid=http://vocab.nerc.ac.uk/collection/P01/current/SDBIOL05/

You can also search using the measurementType:
https://api.obis.org/dataset?measurementtype=weight

Maybe bring in seascapes data as well: https://github.com/eqmh/ERDDAP-extractions/blob/master/seascape_example.R

similarly: https://github.com/marinebon/p2p/blob/2557dc03abe8e5779f5392586eb470232f8aa604/_site_template.Rmd#L142-L178

See https://marinebon.org/p2p/z_usa-pumphouse-nahantma.html for example

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
16
Fork
16
Merge trung bình
2 giờ 37 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ioos/ioos_code_lab

Tất cả issue của ioos/ioos_code_lab

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.