Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

[Bug]: qenv is valid but code is not reproducible

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#272 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
38/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Tái hiện các ví dụ within(qenv(), ...) trong một phiên R --vanilla mới, sau đó kiểm tra việc khởi tạo qenv và cách sử dụng .GlobalEnv. So sánh hành vi khi teal.modules.clinical được nạp và khi không có; công việc được xem là hoàn tất khi ngăn không cho một qenv có vẻ hợp lệ nếu mã của nó phụ thuộc vào các đối tượng hoặc hàm không khả dụng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug core
What happened?

When creating/modifying a qenv object or derivative, it fails if there are objects or calls to packages outside the environment.

However, when a library is loaded before the creation of the qenv object, functions or object can be found so the code succeeds and results in a valid object even if code results on not reproducible.

This results on teal applications that work, but when users copy and paste the code on a new vanilla R session (R --vanilla), the code will raise an error because there aren't some objects or functions in the environment.
Some testing might also fail as in that environment(s) libraries might not be loaded (as I found on https://github.com/insightsengineering/coredev-tasks/issues/536) .

library("teal.code")
within(qenv(), {ADSL <- tmc_ex_adsl})
#> <qenv.error: object 'tmc_ex_adsl' not found 
#>  when evaluating qenv code:
#> ADSL <- tmc_ex_adsl>

library("teal.modules.clinical")
#> Loading required package: teal
#> Loading required package: shiny
#> Loading required package: teal.slice
#> Registered S3 method overwritten by 'teal':
#>   method        from      
#>   c.teal_slices teal.slice
#> 
#> You are using teal version 1.0.0
#> 
#> Attaching package: 'teal'
#> The following objects are masked from 'package:teal.slice':
#> 
#>     as.teal_slices, teal_slices
#> Loading required package: teal.transform
#> Loading required package: tern
#> Loading required package: rtables
#> Loading required package: formatters
#> 
#> Attaching package: 'formatters'
#> The following object is masked from 'package:base':
#> 
#>     %||%
#> Loading required package: magrittr
#> 
#> Attaching package: 'rtables'
#> The following object is masked from 'package:utils':
#> 
#>     str
#> Registered S3 method overwritten by 'tern':
#>   method   from 
#>   tidy.glm broom
within(qenv(), {ADSL <- tmc_ex_adsl})
#> <environment: 0x000001dc3ac0c8d0> 🔒 
#> Parent: <environment: package:teal.modules.clinical> 
#> Bindings:
#> - ADSL: [tbl_df]

Created on 2025-09-09 with reprex v2.1.1

I would expect that the last object don't succeed as the code can't be run in a fresh R session without the teal.modules.clinical package, and often there is no information about it (except in some occasions via parent.env([email protected]) and the attr(env, "name")).

I think this is because the package uses the global environment instead of the base environment on initialization.

This might be related to #201

sessionInfo()
R version 4.5.1 (2025-06-13 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
Running under: Windows 11 x64 (build 22631)

Matrix products: default
  LAPACK version 3.12.1

locale:
[1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.utf8  LC_CTYPE=Spanish_Spain.utf8   
[3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.utf8 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Spanish_Spain.utf8    

time zone: Europe/Madrid
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] teal.modules.clinical_0.11.1 tern_0.9.9                  
 [3] rtables_0.6.13               magrittr_2.0.3              
 [5] formatters_0.5.11            teal.transform_0.7.0        
 [7] teal_1.0.0                   teal.slice_0.7.0            
 [9] teal.data_0.8.0              shiny_1.11.1                
[11] teal.code_0.7.0              pkgdown_2.1.3               
[13] devtools_2.4.5               usethis_3.2.0               

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] gtable_0.3.6       ggplot2_3.5.2      htmlwidgets_1.6.4  remotes_2.5.0.9000
 [5] lattice_0.22-7     vctrs_0.6.5        tools_4.5.1        Rdpack_2.6.4      
 [9] generics_0.1.4     tibble_3.3.0       pkgconfig_2.0.3    Matrix_1.7-4      
[13] checkmate_2.3.3    RColorBrewer_1.1-3 lifecycle_1.0.4    compiler_4.5.1    
[17] farver_2.1.2       textshaping_1.0.3  httpuv_1.6.16      htmltools_0.5.8.1 
[21] later_1.4.4        pillar_1.11.0      urlchecker_1.0.1   tidyr_1.3.1       
[25] ellipsis_0.3.2     cachem_1.1.0       sessioninfo_1.2.3  mime_0.13         
[29] nestcolor_0.1.3    tidyselect_1.2.1   digest_0.6.37      stringi_1.8.7     
[33] dplyr_1.1.4        purrr_1.1.0        splines_4.5.1      fastmap_1.2.0     
[37] grid_4.5.1         cli_3.6.5          logger_0.4.0       bsicons_0.1.2     
[41] survival_3.8-3     pkgbuild_1.4.8     broom_1.0.9        rutils_0.0.2.92   
[45] scales_1.4.0       promises_1.3.3     backports_1.5.0    ragg_1.5.0        
[49] memoise_2.0.1      evaluate_1.0.5     rbibutils_2.3      miniUI_0.1.2      
[53] profvis_0.4.0      rlang_1.1.6        Rcpp_1.1.0         xtable_1.8-4      
[57] glue_1.8.0         pkgload_1.4.0      rstudioapi_0.17.1  teal.logger_0.4.0 
[61] R6_2.6.1           systemfonts_1.2.3  fs_1.6.6
Relevant log output
Code of Conduct
  • I agree to follow this project's Code of Conduct.
Contribution Guidelines
  • I agree to follow this project's Contribution Guidelines.
Security Policy
  • I agree to follow this project's Security Policy.
Ngôn ngữ chính
R
Star
12
Fork
11
Merge trung bình
8 ngày 15 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
2

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của insightsengineering/teal.code

Tất cả issue của insightsengineering/teal.code

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.