Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Consistency with Rpy 1 and NumPy packages and tools, e.g. linear_regression

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#415 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
numpy, python, r
Lĩnh vực
build-system, tooling

Hướng nghiên cứu

So sánh packages/package_rpy_1_0_3/tool_dependencies.xml với phiên bản GitHub được liên kết, sau đó kiểm tra tools/linear_regression cùng các dependency R, rpy và NumPy của nó. Tái hiện sự không khớp phiên bản API được báo cáo và truy vết các phiên bản dependency đã được cài đặt. Được xem là hoàn tất khi chuỗi dependency của rpy và các công cụ bị ảnh hưởng sử dụng các phiên bản NumPy tương thích mà không có các yêu cầu trùng lặp và xung đột.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug

These tools and dependency chains are broken. But will work if you have numpy 1.7 available locally. Detailed analysis follows.

Rpy requires NumPy, but the current version of rpy 1.0.3 in the toolshed (https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/package_rpy_1_0_3/file/82170c94ca7c/tool_dependencies.xml https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/package_rpy_1_0_3/82170c94ca7c) does not have a repository dependency defined.

However, the current version in github, https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/blob/fbc219afb27b57b7a7aabbf2936439273753664e/packages/package_rpy_1_0_3/tool_dependencies.xml, has a dependency on numpy 1.9, added in fbc219afb27b57b7a7aabbf2936439273753664e.

But I don't think we can or should 'just update' this package in the toolshed, due to inconsistencies when digging into tools.

The linear_regression tool (https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tools/linear_regression https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/linear_regression/cf431604ec3e) has dependencies on rpy 1.0.3, R 2.11.0, and numpy 1.7.

This causes an error with linear_regression (and possibly other tools), when Rpy is built against NumPy 1.9, but given NumPy 1.7:

RuntimeError: module compiled against API version 9 but this version of numpy is 7

I was able to hack the Rpy 1.0.3 package locally to get these tools to work, with this:

shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/package_rpy_1_0_3/82170c94ca7c/package_rpy_1_0_3$ hg diff
diff -r 82170c94ca7c tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml	Tue Apr 01 10:47:51 2014 -0400
+++ b/tool_dependencies.xml	Tue Nov 22 10:35:19 2016 -0500
@@ -3,6 +3,9 @@
   <package name="R" version="2.11.0">
       <repository changeset_revision="6e1b17857732" name="package_r_2_11_0" owner="devteam" prior_installation_required="True" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
+  <package name="numpy" version="1.7.1">
+      <repository changeset_revision="0c288abd2a1e" name="package_numpy_1_7" owner="devteam" prior_installation_required="True" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
     <package name="rpy" version="1.0.3">
       <install version="1.0">
           <actions>
@@ -15,6 +18,9 @@
                   <repository changeset_revision="6e1b17857732" name="package_r_2_11_0" owner="devteam" prior_installation_required="True" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu">
                       <package name="R" version="2.11.0" />
                     </repository>
+                  <repository changeset_revision="0c288abd2a1e" name="package_numpy_1_7" owner="devteam" prior_installation_required="True" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu">
+                      <package name="numpy" version="1.7.1" />
+                    </repository>
                 </action>
                 <action type="make_directory">$INSTALL_DIR/lib/python</action>
                 <action type="shell_command">

and then uninstalling/reinstalling rpy 1.0.3.

This was the path of least resistance given the current state of the packages in the toolshed (rpy not requiring numpy).

However, the correct fix is most likely to have rpy require numpy (like in current github-only copy, numpy version is up for debate), and simultaneously update any tools using rpy to not manually require their own version of numpy, thereby getting the version inherited through the rpy dependency chain.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
37
Fork
94
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của galaxyproject/tools-devteam

Tất cả issue của galaxyproject/tools-devteam

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.