Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#596 2 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
38/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách đọc các entry point ga4gh_identify(), vrs_enref() và vrs_deref() rồi so sánh hành vi của chúng với các ví dụ trong issue. Xác định cách recursive_identify hiện đang bù đắp cho chúng, sau đó định nghĩa việc hoàn tất là đệ quy thêm các ID còn thiếu vào đối tượng VRS và các đối tượng có thể định danh được chứa bên trong, mà không thay đổi các ID đúng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement

In AnyVar, we want to receive VRS objects, but they need IDs to be stored. We'd like some kind of function that will ensure IDs get added to received objects if they aren't there already. This needs to recurse down through any contained objects.

I had assumed this existed somewhere in VRS-Python, but I haven't found a working solution yet. Granted, this is a very simple problem, and I could just write something that manually checks if an object is an allele or a different type of object and handles each case, but I felt like there should be a better option, especially since we already have some functions that get close:

ga4gh_identify() returns the correct ID, but doesn't completely update the contained object

It'll add the outermost .id property if you set in_place="always", but not a contained object's ID

In [1]: from ga4gh.vrs import models, normalize; from ga4gh.core import ga4gh_identify; from ga4gh.vrs.enderef import vrs_deref, vrs_enref

In [2]: input_data = {"location": {"end": 87894077, "start": 87894076, "sequenceReference": { "refgetAccession": "SQ.ss8r_wB0-b9r44TQTMmVTI92884QvBiB", "type": "SequenceReference"},},"state": {"sequence": "T"}}

In [3]: allele1 = models.Allele(**input_data)

In [4]: ga4gh_identify(allele1, in_place="always")
Out[8]: 'ga4gh:VA.K7akyz9PHB0wg8wBNVlWAAdvMbJUJJfU'

In [5]: allele1.id
Out[5]: 'ga4gh:VA.K7akyz9PHB0wg8wBNVlWAAdvMbJUJJfU'

In [6]: allele1.location.id is None
Out[6]: True

vrs_enref()/vrs_deref() will update IDs in place, but they'll be wrong

This one seems bad. I mean, maybe I don't understand how these methods are supposed to work, but this is troubling. Regardless, this is not a solution for my problem.

In [7]: storage = {}

In [8]: enreffed = vrs_enref(models.Allele(**input_data), storage)

In [9]: dereffed = vrs_deref(enreffed, storage)

In [10]: dereffed.id
Out[11]: 'ga4gh:VA.UBp6cO0u3i286SZhHhfUo1uFft259YyC'

In [12]: dereffed.location.id
Out[12]: 'ga4gh:SL.01EH5o6V6VEyNUq68gpeTwKE7xOo-WAy'

Note -- that location ID is correct, as far as I can tell. I don't understand why the allele ID is wrong.

vrs_enref() -> vrs_deref() -> clear allele ID and digest -> ga4gh_identify() works, but this is way more complicated than it should be

This is what I put into AnyVar as a temporary measure

def recursive_identify(vrs_object: Type_VrsObject) -> Type_VrsObject:
    """Add GA4GH IDs to an object and all GA4GH-identifiable objects contained within.

    :param vrs_object: AnyVar-supported variation object
    :return: same object, with any missing ID fields filled in
    """
    storage = {}
    enreffed = vrs_enref(vrs_object, storage)
    dereffed = vrs_deref(enreffed, storage)
    dereffed.id = None  # type: ignore[reportAttributeAccessIssue]
    dereffed.digest = None  # type: ignore[reportAttributeAccessIssue]
    ga4gh_identify(dereffed, in_place="always")
    return dereffed  # type: ignore[reportReturnType]

I cannot imagine this is the best possible solution to this problem, or that I'm the only person who's ever needed something like this before. I think it'd be nice to either update behavior of the existing functions or add something new that does this efficiently.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
63
Fork
43
Merge trung bình
1 giờ 2 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Chúng tôi chưa kiểm tra các tệp thiết lập môi trường của dự án này. Hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ga4gh/vrs-python

Tất cả issue của ga4gh/vrs-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.