nanobind: leaked ... when a DuckDB type is referenced in overload signature and numpy is imported

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#732 5 bình luận 3 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
databases

Hướng nghiên cứu

Start with the reproduction script in the issue: it needs only typing.overload referencing duckdb.DuckDBPyConnection plus import numpy, and the leak appears at interpreter exit. Run it with uv run --script to confirm the nanobind warnings. The cause is a reference-counting problem in the nanobind binding code, so the work is tracing which type or function objects are not released, which needs familiarity with nanobind. Done means the script exits without the leak warnings.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

needs triage
What happens?

When the interpreter exits, duckdb 2.0.0 prints nanobind leak warnings if both of these are true:

  • a DuckDB type (e.g. DuckDBPyConnection) is referenced from a typing.overload signature, which typing keeps in its module-level overload registry until shutdown
  • numpy is imported (torch 2.6.0 triggers it the same way)
nanobind: leaked 27 instances!
nanobind: leaked 6 types!
 - leaked type "_duckdb._sqltypes.DuckDBPyType"
 - leaked type "_duckdb.DuckDBPyConnection"
 - leaked type "FunctionNullHandling"
 - leaked type "PythonUDFType"
 - leaked type "ExplainType"
 - leaked type "PythonExceptionHandling"
nanobind: leaked 84 functions!
 - leaked function "fetchone"
 - leaked function "fetch_df"
 - leaked function "__exit__"
 - leaked function "_result_as_arrow"
 - leaked function ""
 - leaked function "abort"
 - leaked function "append"
 - leaked function "interrupt"
 - leaked function "dtype"
 - leaked function "_register_values"
 - ... skipped remainder
nanobind: this is likely caused by a reference counting issue in the binding code.
See https://nanobind.readthedocs.io/en/latest/refleaks.html%
To Reproduce

with duckdb_nanobind_leak.py as follows

# /// script
# requires-python = ">=3.13"
# dependencies = ["duckdb==2.0.0", "numpy==2.5.2"]
# ///
"""duckdb 2.0.0 prints "nanobind: leaked ..." at interpreter exit.

Run: uv run --script duckdb_nanobind_leak.py

Triggered when a DuckDB type is referenced from a `typing.overload` signature (typing keeps overloads in a
module-level registry until shutdown) and numpy is imported. Without the overload, or without numpy, exit is clean.
torch (2.6.0) triggers it the same way as numpy.
"""

from typing import overload

import duckdb
import numpy


@overload
def connect(database: str) -> duckdb.DuckDBPyConnection: ...
@overload
def connect(database: None) -> None: ...
def connect(database):
    return None if database is None else duckdb.connect(database)

run uv run --script duckdb_nanobind_leak.py

OS:

x86_64

DuckDB Version:

2.0.0

DuckDB Client:

Python

Hardware:

No response

Full Name:

Bartosz Marcinkowski

Affiliation:

MIM Fertility

Did you include all relevant configuration (e.g., CPU architecture, Linux distribution) to reproduce the issue?
  • Yes, I have
Did you include all code required to reproduce the issue?
  • Yes, I have
Did you include all relevant data sets for reproducing the issue?

Not applicable - the reproduction does not require a data set

Ngôn ngữ chính
Python
Star
203
Fork
124
Merge trung bình
13 giờ 36 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
61

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của duckdb/duckdb-python

Tất cả issue của duckdb/duckdb-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.