Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

schema.rebuild_lineage() fails on PostgreSQL, after emptying ~lineage

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,641 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
68/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
mysql, postgresql, python
Lĩnh vực
backend, databases

Hướng nghiên cứu

Start in lineage.py at rebuild_schema_lineage and compare its information_schema queries with the adapters’ load_primary_keys_sql and load_foreign_keys_sql used by Dependencies.load. Reproduce on PostgreSQL 15 with the supplied schema and check how the function handles ~lineage when rebuilding fails. Done means lineage rebuilding works on PostgreSQL and MySQL, and a failure does not leave ~lineage empty.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug

Summary

schema.rebuild_lineage() fails on PostgreSQL. rebuild_schema_lineage (lineage.py) reads keys from information_schema with MySQL-only names:

  • foreign keys from KEY_COLUMN_USAGE.REFERENCED_TABLE_SCHEMA, REFERENCED_TABLE_NAME and REFERENCED_COLUMN_NAME, columns PostgreSQL does not have;
  • primary keys by CONSTRAINT_NAME = 'PRIMARY', while PostgreSQL names a primary-key constraint <table>_pkey.

The foreign-key query raises, so the rebuild stops before writing anything. It has already run DELETE FROM ~lineage by then, so the call leaves the schema with an empty ~lineage table: every join on the schema's tables is then refused, until each table is decorated again and its rows are refilled.

The docs and several messages recommend schema.rebuild_lineage() as the repair for lineage problems, and dj.migrate.rebuild_lineage calls the same function.

Reproduction

DataJoint master, PostgreSQL 15:

import datajoint as dj

schema = dj.Schema("scratch_rebuild_lineage")


@schema
class Image(dj.Manual):
    definition = """
    image_id : int32
    """


schema.rebuild_lineage()
# UnknownAttributeError: column "referenced_table_schema" does not exist
# ~lineage held 1 row before the call and 0 after it

Expected behavior

rebuild_lineage() works on both backends. It could read primary and foreign keys through the adapters' existing load_primary_keys_sql and load_foreign_keys_sql, as Dependencies.load does, and leave ~lineage unchanged if it fails.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
197
Fork
101
Merge trung bình
3 ngày 8 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
28

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của datajoint/datajoint-python

Tất cả issue của datajoint/datajoint-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.