[BUG] Segmentation fault with Graphar load
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- backend, devops, distributed-systems
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện lệnh gọi Graph.load_from với URI GraphAr được cung cấp và kiểm tra mục ngăn xếp GARFragmentLoader::constructVertexMap trong dấu vết lỗi. So sánh hành vi trên môi trường GraphScope v0.29.0 đã nêu và xác minh rằng việc tải hoàn tất mà không xảy ra segmentation fault hoặc lỗi RPC socket-closed phát sinh.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Describe the bug
I've got an "SIGSEGV" error when try to load graph in graphar format
To Reproduce
- Ensure you are running GAE in k8s cluster
- Ensure all necessary files were mounted properly. At least, you have got all required graphar files and them were mounted properly. In my further example I mount my host path using the following configuration from "graphscope" helm chart:
volumes:
enabled: true
items:
data:
type: hostPath
field:
type: Directory
path: {{ graphscope_directories_store_host }}
mounts:
- mountPath: {{ graphscope_directories_store_mounted }}
- Make a python script and add the following code:
import graphscope
from graphscope import Graph
from graphscope.framework.loader import Loader
# Resolve host and port, using https://graphscope.io/docs/latest/deployment/deploy_graphscope_with_helm#installation tutorial, or hardcode 'em
host=""
port=""
session = graphscope.session(
addr=f"{host}:{port}",
k8s_namespace="{{ k8s_graphscope_namespace }}"
)
# With my example I used https://github.com/apache/incubator-graphar-testing/tree/955596c325ceba7b607e285738e3dd0ce4ff424e/neo4j files. But the issue could be reproduced with any others from this repository
uri = "graphar+file://{{ graphscope_directories_store_mounted }}/graphar/MovieGraph.graph.yml"
graph = Graph.load_from(uri, session)
session.close()
- Run script
- See error:
*** Aborted at 1731639742 (unix time) try "date -d @1731639742" if you are using GNU date ***
PC: @ 0x0 (unknown)
*** SIGSEGV (@0x8) received by PID 296 (TID 0x7c1707e00640) from PID 8; stack trace: ***
@ 0x7c17157db046 (unknown)
@ 0x7c1712f13520 (unknown)
*** Aborted at 1731639742 (unix time) try "date -d @1731639742" if you are using GNU date ***
@ 0x7c17172e425f _ZZN8vineyard17GARFragmentLoaderIlmNS_14ArrowVertexMapEE18constructVertexMapEvENKUliE_clEi
PC: @ 0x0 (unknown)
*** SIGSEGV (@0x8) received by PID 324 (TID 0x77a733400640) from PID 8; stack trace: ***
@ 0x7c17173182a7 vineyard::GARFragmentLoader<>::constructVertexMap()
@ 0x77a7416bc046 (unknown)
@ 0x7c171731b797 vineyard::GARFragmentLoader<>::LoadFragment()
@ 0x77a73edf4520 (unknown)
@ 0x7c171731c140 vineyard::GARFragmentLoader<>::LoadFragmentAsFragmentGroup()
@ 0x7c17074e1451 LoadGraph
@ 0x58967b75c0d1 gs::GrapeInstance::loadGraph()
@ 0x58967b761d65 gs::GrapeInstance::OnReceive()
@ 0x58967b7f018a gs::Dispatcher::processCmd()
@ 0x58967b7f1ebe gs::Dispatcher::subscriberLoop()
@ 0x77a7431c525f _ZZN8vineyard17GARFragmentLoaderIlmNS_14ArrowVertexMapEE18constructVertexMapEvENKUliE_clEi
@ 0x7c17131f8253 (unknown)
@ 0x77a7431f92a7 vineyard::GARFragmentLoader<>::constructVertexMap()
@ 0x7c1712f65ac3 (unknown)
@ 0x7c1712ff7850 (unknown)
@ 0x77a7431fc797 vineyard::GARFragmentLoader<>::LoadFragment()
@ 0x77a7431fd140 vineyard::GARFragmentLoader<>::LoadFragmentAsFragmentGroup()
@ 0x77a7334e1451 LoadGraph
@ 0x5cb0ae4510d1 gs::GrapeInstance::loadGraph()
@ 0x5cb0ae456d65 gs::GrapeInstance::OnReceive()
@ 0x5cb0ae4e518a gs::Dispatcher::processCmd()
@ 0x5cb0ae4e7906 gs::Dispatcher::publisherLoop()
@ 0x77a73f0d9253 (unknown)
@ 0x77a73ee46ac3 (unknown)
@ 0x77a73eed8850 (unknown)
--------------------------------------------------------------------------
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 296 on node gs-engine-gs-gae-1 exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------
RPC failed: rpc _run_step_impl failed: status <_MultiThreadedRendezvous of RPC that terminated with:
status = StatusCode.UNAVAILABLE
details = "Socket closed. The traceback is: Traceback (most recent call last):
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/servicer/graphscope_one/service.py", line 245, in _RunStep
head, bodies = self._operation_executor.run_on_analytical_engine(
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/monitor.py", line 191, in runOnAnalyticalEngineWarp
res = func(instance, dag_def, dag_bodies, loader_op_bodies)
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/op_executor.py", line 178, in run_on_analytical_engine
response_head, response_bodies = self.run_step(dag_def, dag_bodies)
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/op_executor.py", line 106, in run_step
for response in responses:
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/grpc/_channel.py", line 543, in __next__
return self._next()
File "/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/grpc/_channel.py", line 969, in _next
raise self
grpc._channel._MultiThreadedRendezvous: <_MultiThreadedRendezvous of RPC that terminated with:
status = StatusCode.UNAVAILABLE
details = "Socket closed"
debug_error_string = "UNKNOWN:Error received from peer {grpc_message:"Socket closed", grpc_status:14, created_time:"2024-11-15T03:02:22.646397916+00:00"}"
>
"
debug_error_string = "UNKNOWN:Error received from peer {grpc_message:"Socket closed. The traceback is: Traceback (most recent call last):\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/servicer/graphscope_one/service.py\", line 245, in _RunStep\n head, bodies = self._operation_executor.run_on_analytical_engine(\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/monitor.py\", line 191, in runOnAnalyticalEngineWarp\n res = func(instance, dag_def, dag_bodies, loader_op_bodies)\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/op_executor.py\", line 178, in run_on_analytical_engine\n response_head, response_bodies = self.run_step(dag_def, dag_bodies)\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/gscoordinator/op_executor.py\", line 106, in run_step\n for response in responses:\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/grpc/_channel.py\", line 543, in __next__\n return self._next()\n File \"/home/graphscope/.local/lib/python3.10/site-packages/grpc/_channel.py\", line 969, in _next\n raise self\ngrpc._channel._MultiThreadedRendezvous: <_MultiThreadedRendezvous of RPC that terminated with:\n\tstatus = StatusCode.UNAVAILABLE\n\tdetails = \"Socket closed\"\n\tdebug_error_string = \"UNKNOWN:Error received from peer {grpc_message:\"Socket closed\", grpc_status:14, created_time:\"2024-11-15T03:02:22.646397916+00:00\"}\"\n>\n", grpc_status:14, created_time:"2024-11-15T03:02:22.649210409+00:00"}"
Expected behavior
No errors occurred.
Screenshots
All running pods
Environment:
- GraphScope version: v0.29.0
- OS: Ubuntu
- Version 24.04
- Kubernetes Version 1.28.14
- Python version: 3.11.10 (with following dependencies: graphscope==0.29.0, graphscope-client==0.29.0, pandas==2.0.3, aiohttp, async_timeout)
Additional context
The same issue appeared if I run python script on empty cluster (when graphscope library creates all required pods, svc, etc. by itself) like this:
session = graphscope.session(
k8s_image_registry="{{ docker_image_repository_hosted }}",
k8s_image_repository="rnd-grapher/graphscope",
k8s_vineyard_image="{{ docker_image_repository }}/vineyardcloudnative/vineyardd:latest",
k8s_namespace="{{ k8s_graphscope_namespace }}",
k8s_volumes={
"data": {
"type": "hostPath",
"field": {
"path": os.path.expanduser("~/examples/"),
"type": "Directory"
},
"mounts": {
"mountPath": "/examples/"
}
}
}
)
- Ngôn ngữ chính
- C++
- Star
- 3.6k
- Fork
- 470
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của alibaba/GraphScope
-
[BUG] Failed archive extraction deletes the dataset cacheCó thể đã có người làm @dajiaohuang đã nhận 9 ngày trước. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
alibaba/GraphScope#4674 ·
-
Please add multi-tenancyĐang mởstale
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
alibaba/GraphScope#4655 · 2 bình luận ·
-
stale
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 38/100
alibaba/GraphScope#4654 · 2 bình luận ·
-
stale
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
alibaba/GraphScope#4647 · 3 bình luận ·
-
[BUG] IC14无法用Cypher执行Đang mởstale
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100
alibaba/GraphScope#4639 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của alibaba/GraphScope
Issue tương tự
-
Bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
-
v3: Lua m.setvar() returns -1 on errors, so the script gets stack garbageCó thể đã có người làm Có pull request liên kết đang mở hoặc đã được merge. Đang mở3.x bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
owasp-modsecurity/ModSecurity#3731 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Sendspin/sendspin-cpp-cli#111 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
[Core/Config] The server fails to start due to an invalid config path when debuggingCó thể đã có người làm Có pull request liên kết đang mở hoặc đã được merge. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 62/100
azerothcore/azerothcore-wotlk#28350 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày