Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

关于mp_import_metaphlan中输入treefile错误的问题

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#95 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start by reproducing the mp_import_metaphlan call with merged_abundance_table.txt and mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212.nwk under MicrobiotaProcess v1.12.3. Inspect the reported parent validation errors and compare the resulting texatree and otutree objects; the issue is resolved when the supported input behavior and generated tree objects are clear.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

各位老师好！我在使用 mp_import_metaphlan 输入metaphlan4的相对丰度的输出结果文件时，指定了我metaphlan4对应的数据库的进化树文件 mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212.nwk 。但是输入报错，具体如下：

metaphlan_data <- mp_import_metaphlan("merged_abundance_table.txt",linenum=2,treefile = "mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212.nwk")
ℹ invalid tbl_tree object. Missing column: parent.
ℹ invalid tbl_tree object. Missing column: parent.
ℹ invalid tbl_tree object. Missing column: parent.
ℹ invalid tbl_tree object. Missing column: parent.
Warning messages:
1: The number of features in otu table is not equal the number of tips in otu tree.
• The same features will be extract automatically !
2: In drop.tip.phylo(phy = list(edge = c(30212L, 30213L, 30213L, 30214L, :
drop all tips of the tree: returning NULL
3: In drop.tip.phylo(collapse.singles = FALSE, phy = list(edge = c(787, :
drop all tips of the tree: returning NULL

最终得到的MPSE，除了些样本名的信息之外，texatree、otutree都没能成功生成。 我在bioconductor上安装版本是MicrobiotaProcess v1.12.3。请问老师，这是否是因为目前的版本还不能支持metaphlan4的进化树，只能支持到mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901_species_tree.nwk metaphlan3的进化树？或者还是因为一些其它的问题？

感谢您的回复与帮助！ @xiangpin

Ngôn ngữ chính
R
Star
196
Fork
36
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Tất cả issue của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.