Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Rarecurve output range

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#85 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization

Hướng nghiên cứu

Start with the calls to mp_rrarefy(), mp_cal_rarecurve(), and mp_plot_rarecurve(), then inspect the generated RareAbundanceRarecurve data and the plot coordinate limits. Determine whether the depth is limited during rarecurve calculation or only during plotting; done means the output can represent depth up to 2e7 reads and the requested observations range.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Rareplot

Hello...I apologize if this question seems basic, but I was wondering if you could help me figure out how to increase the range of the outputted rarecurve (i.e. the depth [readsNums] and observations [value]). I wish to see the depth up to 2e7 reads. I tried to simply extend the coordinates of the output but this did not work. Thank you for your time!
Code:
mpse %<>% mp_rrarefy() %<>%
mp_cal_rarecurve(
.abundance = Abundance,
chunks = 350, action = "add", force=FALSE
)

set.seed(1234)
plotmpse<- mpse %>%
mp_plot_rarecurve(
.rare = RareAbundanceRarecurve,
.alpha = "Observe",
.group = CollectionPhase,
plot.group = TRUE
) + theme_bw() + coord_cartesian(xlim=c(0,2000), ylim = c(0,100))+
scale_color_manual(values=c("#789ED0", "#F79D40", "#72BF56", "#E4655A", "#AB8BCB")) +
scale_fill_manual(values=c("#789ED0", "#F79D40", "#72BF56", "#E4655A", "#AB8BCB"))
plotmpse

Ngôn ngữ chính
R
Star
196
Fork
36
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Tất cả issue của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.