Error occurred while parsing the output of qiime2

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#102 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Reproduce the problem with the listed table.qza, taxonomy.qza, and metadata.tsv inputs, then inspect mp_import_qiime2 and the validityMethod/print.MPSE path shown in the trace. Done means the imported MPSE object passes validation with matching taxonomy tip labels and OTU assays.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi Shuangbin,

I met some troubles while parsing the output of qiime2. I've checked the output of qiime2 but I didn't find any reasons of the following error.

running:
otuqza="./table.qza"
taxaqzafile="./taxonomy.qza"
mapfile="./metadata.tsv"
mpse <- mp_import_qiime2(otuqza=otuqzafile, taxaqza=taxaqzafile, mapfilename=mapfile)
mpse

error:
Error in validityMethod():
! The number of tip labels of taxatree is not equal the number of otu in assays.
• Please check the taxatree or assays!
Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

rlang::last_trace()
<error/rlang_error>
Error in validityMethod():
! The number of tip labels of taxatree is not equal the number of otu in assays.
• Please check the taxatree or assays!

Backtrace:
▆

  1. ├─methods (local) <stndrdGn>(<MPSE[,0]>)
  2. ├─MicrobiotaProcess (local) <stndrdGn>(<MPSE[,0]>)
  3. │ └─object %>% print()
  4. ├─base::print(.)
  5. └─MicrobiotaProcess:::print.MPSE(.)
  6. └─MicrobiotaProcess:::print2.MPSE(...)
  7. ├─x[seq_len(n), seq_len(min(1, ncol(x))), drop = FALSE]

  8. └─x[seq_len(n), seq_len(min(1, ncol(x))), drop = FALSE]

  9.   └─methods::validObject(nx)

  10.     ├─methods (local) anyStrings(validityMethod(object))

  11.     │ └─base::isTRUE(x)

  12.     └─MicrobiotaProcess (local) validityMethod(object)

Run rlang::last_trace(drop = FALSE) to see 1 hidden frame.

Ngôn ngữ chính
R
Star
196
Fork
36
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Tất cả issue của YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.