Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

gf (GraphFactorization) not found

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#10 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
jupyter-notebook, python, scikit-learn, tensorflow
Lĩnh vực
data, machine-learning

Hướng nghiên cứu

Start with Chapter-03's 01_Shallow_Embeddings.ipynb and the requirements.txt versions listed in the issue. Reproduce both the GraphFactorization cell and the karateclub DeepWalk cell in the described conda environment, then investigate the reported missing ./gf and unexpected iter errors. Done means both notebook examples run successfully in that environment.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hello,

I am using conda. I created a new environment called "new_env" with python=3.7.16 (I had to use an older version of Python because stellargraph was having difficulties with python>3.8) by:

conda create -n new_env python=3.7.16
conda activate new_env

then in the terminal where the new_env being active, I typed:

pip install -r requirements.txt

where the requirements.txt file include the following (from Chapter-3 in the book):

Jupyter==1.0.0
networkx==2.5
matplotlib==3.2.2
karateclub==1.0.19
node2vec==0.3.3
tensorflow==2.4.0
scikit-learn==0.24.0
git+https://github.com/palash1992/GEM.git
git+https://github.com/stellargraph/stellargraph.git

I have two questions.
Question-1: When I run the "01_Shallow_Embeddings.ipynb" notebook given in Chapter-03, for the cell given below, I get the following error in GraphFactorization section:

from gem.embedding.gf import GraphFactorization
G = nx.barbell_graph(m1=10, m2=4)
draw_graph(G)
gf = GraphFactorization(d=2,  data_set=None,max_iter=10000, eta=1*10**-4, regu=1.0)
gf.learn_embedding(G)

Error: ./gf not found. Reverting to Python implementation. Please compile gf, place node2vec in the path and grant executable permission.

Do I go to site_packages in the active conda environment and compile/run a setup.py file in GEM library? Or do I need to clone GEM library (as well as stellar) separate;y rather than putting them in the requirements.txt file, though I thought it is the same procedure.

Question-2: I have also an error when I run the DeepWalk example in the same notebook,
The code:

import networkx as nx
from karateclub.node_embedding.neighbourhood.deepwalk import DeepWalk
G = nx.barbell_graph(m1=10, m2=4)
draw_graph(G)
dw = DeepWalk(dimensions=2)
dw.fit(G)

The error I get:

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
~\AppData\Local\Temp\ipykernel_22368\195704241.py in <module>
      6 
      7 dw = DeepWalk(dimensions=2)
----> 8 dw.fit(G)

~\anaconda3\envs\gml_book_ch3\lib\site-packages\karateclub\node_embedding\neighbourhood\deepwalk.py in fit(self, graph)
     57                          min_count=self.min_count,
     58                          workers=self.workers,
---> 59                          seed=self.seed)
     60 
     61         num_of_nodes = graph.number_of_nodes()

TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'iter'

Did anyone have similar issues or know the solution?

Thanks!

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
351
Fork
184
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PacktPublishing/Graph-Machine-Learning

Tất cả issue của PacktPublishing/Graph-Machine-Learning

Issue tương tự

Thêm issue về Data Engineering

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.