Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Characterization fails for user-defined features in ATLAS 2.15.0 / WebAPI 2.15.1 due to ClassCastException in feanalysis

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#2,513 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
java
Lĩnh vực
api, backend

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong đường dẫn chuyển đổi feanalysis được nêu trong lỗi, kiểm tra FeAnalysisEntity, FeAnalysisWithCriteriaEntity, FeAnalysisWithPrevalenceCriteriaEntity và FeAnalysisDTO. Tái hiện việc đặc tả với các feature được định nghĩa trước và do người dùng định nghĩa trên thiết lập WebAPI 2.15.1 được báo cáo, sau đó xác minh rằng việc thực thi feature tùy chỉnh không còn phát sinh ClassCastException.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

We are seeing a reproducible issue in cohort characterization where execution succeeds with predefined features but fails when user-defined features are included.

This is not an upgrade-related issue. The environment was a de novo installation. According to our OHDSI/OMOP admin, ATLAS 2.15.0 and WebAPI 2.15.1 are compatible and are the latest released versions.

Based on the error pattern, we suspect this may be a bug introduced in WebAPI 2.15.0, potentially related to the implementation of Temporal/Annual Prevalence in Cohort Characterization. We could not find an existing GitHub issue describing this behavior, and there does not appear to be a fix for it in WebAPI 2.15.1.

SUMMARY
In ATLAS cohort characterization:

  • execution works when using only predefined features such as demographics
  • execution fails when including user-defined/custom features
    The failure appears to happen in WebAPI during conversion of feature analysis entities to DTOs in the feanalysis module.

Expected behavior

  • Characterization should execute successfully for both predefined and user-defined features in a clean installation of ATLAS 2.15.0 / WebAPI 2.15.1.

Actual behavior

  • Characterization execution fails when custom features are included, with a conversion/casting exception in feanalysis.

ERROR:
org.ohdsi.webapi.exception.AtlasException: org.springframework.core.convert.ConversionFailedException: Failed to convert from type [org.ohdsi.webapi.feanalysis.domain.FeAnalysisEntity$HibernateProxy$3QgdLRlJ] to type [org.ohdsi.webapi.feanalysis.dto.FeAnalysisDTO] for value 'org.ohdsi.webapi.feanalysis.domain.FeAnalysisWithPrevalenceCriteriaEntity@89'; nested exception is java.lang.ClassCastException: org.ohdsi.webapi.feanalysis.domain.FeAnalysisEntity$HibernateProxy$3QgdLRlJ cannot be cast to org.ohdsi.webapi.feanalysis.domain.FeAnalysisWithCriteriaEntity
at org.ohdsi.webapi.common.generation.TransactionalTasklet.execute(TransactionalTasklet.java:42)
at org.springframework.batch.core.step.tasklet.TaskletStep$ChunkTransactionCallback.doInTransaction(TaskletStep.java:406)
at org.springframework.batch.core.step.tasklet.TaskletStep$ChunkTransactionCallback.doInTransaction(TaskletStep.java:330)
at org.springframework.transaction.support.TransactionTemplate.execute(TransactionTemplate.java:133)
at org.springframework.batch.core.step.tasklet.TaskletStep$2.doInChunkContext(TaskletStep.java:272)
at org.springframework.batch.core.scope.context.StepContextRepeatCallback.doInIteration(StepContextRepeatCallback.java:81)
at org.springframework.batch.repeat.support.RepeatTemplate.getNextResult(RepeatTemplate.java:374)
at org.springframework.batch.repeat.support.RepeatTemplate.executeInternal(RepeatTemplate.java:215)
at org.springframework.batch.repeat.support.RepeatTemplate.iterate(RepeatTemplate.java:144)
at org.springframework.batch.core.step.tasklet.TaskletStep.doExecute(TaskletStep.java:257)
at org.springframework.batch.core.step.AbstractStep.execute(AbstractStep.java:200)
at org.springframework.batch.core.job.SimpleStepHandler.handleStep(SimpleStepHandler.java:148)
at org.springframework.batch.core.job.AbstractJob.handleStep(AbstractJob.java:392)
at org.springframework.batch.core.job.SimpleJob.doExecute(SimpleJob.java:135)
at org.springframework.batch.core.job.AbstractJob.execute(AbstractJob.java:306)
at org.springframework.batch.core.launch.support.SimpleJobLauncher$1.run(SimpleJobLauncher.java:135)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:750)

ENVIRONMENT:
ATLAS version: 2.15.0
WebAPI version: 2.15.1
Installation type: de novo installation
Issue present in: WebAPI 2.15.1 hotfix
Compatibility check: confirmed by admin that ATLAS 2.15.0 and WebAPI 2.15.1 are compatible

QUESTIONS:
Can this be confirmed as a bug in the feanalysis mapping/conversion logic introduced around WebAPI 2.15.0?
Is it related to the Temporal/Annual Prevalence in Cohort Characterization changes?
Is there a workaround for user-defined features until a fix is available?

Ngôn ngữ chính
Java
Star
153
Fork
186
Merge trung bình
2 ngày 12 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
13

Chuẩn bị môi trường

  • Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
  • Không có mẫu pull request
  • Không có hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OHDSI/WebAPI

Tất cả issue của OHDSI/WebAPI

Issue tương tự

Thêm issue về Java

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.