Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Cohort Delete thows CleanupCohortTasket JDBC errors

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#2,334 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
java, sql
Lĩnh vực
backend, databases

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với org.ohdsi.webapi.cohortdefinition.CleanupCohortTasklet và tài nguyên được tham chiếu resources/cohortdefinition/sql/cleanupResults.sql. Tái hiện việc xóa cohort, kiểm tra log của WebAPI để tìm lỗi JDBC của Redshift và Snowflake, đồng thời so sánh hành vi của tasklet với các lần xóa thủ công. Hoàn tất khi việc xóa một cohort dọn sạch các bản ghi của nó khỏi các schema kết quả CDM tương ứng mà không có lỗi đối với các CDM chưa được thực thi hoặc bị ảnh hưởng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Expected behavior

(Using WebAPI 2.14.0 / Atlas 2.14.1)

When deleting a cohort, the org.ohdsi.webapi.cohortdefinition.CleanupCohortTasklet fires without error, and the cohort records are deleted from the pertinent cohort tables for all CDMs in which we've executed the cohort definition.

Actual behavior

(I've confirmed our JDBC connections and the service account's ability to delete from CDM results schemas.)

A few different things to cover here:

  1. It looks like this tasklet is attempted against all CDMs in WebAPI, even for those that haven't been executed. So we see JDBC errors for those, perhaps some additional logic to determine which to delete from would help here.

  2. The tasklet is unable to execute against Redshift:

ERROR taskExecutor-3 org.ohdsi.webapi.cohortdefinition.CleanupCohortTasklet - [] - Error deleting results for cohort: 992, cause: Could not get JDBC Connection; nested exception is java.sql.SQLNonTransientConnectionException: [Amazon][JDBC](10100) Connection Refused: [Amazon][JDBC](11640) Required Connection Key(s): PWD, UID; [Amazon][JDBC](11480) Optional Connection Key(s): AccessKeyID, AuthMech, AutoCreate, BlockingRowsMode, ClusterID, DbGroups, DisableIsValidQuery, DriverLogLevel, EndpointUrl, FilterLevel, IAMDuration, Language, loginTimeout, OpenSourceSubProtocolOverride, plugin_name, profile, Region, SecretAccessKey, SessionToken, socketTimeout, ssl, sslcert, sslfactory, sslkey, sslpassword, sslrootcert, SSLTruststore , SSLTrustStorePath, tcpKeepAlive, TCPKeepAliveMinutes, unknownLength

  1. The tasklet is unable to execute against Snowflake. The JDBC connection has a user name, so not sure why this is an error:

ERROR taskExecutor-3 org.ohdsi.webapi.cohortdefinition.CleanupCohortTasklet - [] - Error deleting results for cohort: 992, cause: Could not get JDBC Connection; nested exception is net.snowflake.client.jdbc.SnowflakeSQLLoggedException: JDBC driver internal error: missing user name for opening session.

  1. I've run the deletes from https://github.com/OHDSI/WebAPI/blob/v2.14.0/src/main/resources/resources/cohortdefinition/sql/cleanupResults.sql manually with the same JDBC connection details without issue.
Steps to reproduce behavior
  1. Create and generate a cohort
  2. Delete it
  3. View webapi logs
  4. Also you can see the cohort records still exist in the appropriate CDM results schemas

Tagging @konstjar

Ngôn ngữ chính
Java
Star
153
Fork
186
Merge trung bình
2 ngày 12 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
13

Chuẩn bị môi trường

  • Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
  • Không có mẫu pull request
  • Không có hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OHDSI/WebAPI

Tất cả issue của OHDSI/WebAPI

Issue tương tự

Thêm issue về Java

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.