errors in inst/csv/OMOP_CDMv6.0_Field_Level.csv

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#722 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Lĩnh vực
databases

Hướng nghiên cứu

Xem xét inst/csv/OMOP_CDMv6.0_Field_Level.csv cùng với các thay đổi của v6.0 được mô tả tại trang Common Data Model được liên kết. Kiểm tra mục stop_reason của drug_exposure và các yêu cầu về date/datetime trong condition_occurrence và drug_exposure, sau đó so sánh các đặc tả trường v6.0 còn lại với những thay đổi đã được ghi lại. Công việc được xem là hoàn tất khi tất cả các phần kế thừa từ v5.4 đã xác định đều được sửa trong CSV.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The csv file that contains the field-level specs for the OMOP CDM v6.0 seems to have some errors in it.

For example:

(1) In the drug_exposure table, the field stop_reason is present, even though it is explained in the user guidance that this field "will be retired in v6.0."

(2) In several tables, the requirements on date/datetimes seems to be reversed. The explanation at https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm60.html#Changes_in_v60 is that "DATETIME fields were made mandatory and date fields were made optional." This is true in the spec for some tables (e.g., visit_occurrence), but the opposite is specified for condition_occurrence and drug_exposure.

It looks to me like some of the specs were updated appropriately in this file for v5.4 -> v6.0, but for certain tables, the field-level specs from v5.4 were simply repeated in the file for v6.0 when they should have been changed.

Examples above are not intended to be exhaustive, they are simply a few observations.

Ngôn ngữ chính
HTML
Star
1.1k
Fork
515
Merge trung bình
10 ngày 13 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OHDSI/CommonDataModel

Tất cả issue của OHDSI/CommonDataModel

Issue tương tự

Thêm issue về Databases

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.