Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Handle (mask & ignore) off-domain values natively in log plots

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#90 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
38/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data-visualization

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong cfplot/cfplot.py tại calculate_levels, quanh lệnh gọi np.max(field[pts]) bị lỗi được hiển thị trong traceback, và tái hiện MRE bằng cfp.setvars(level_spacing="log") cùng cfp.con(f). Được xem là hoàn tất khi các biểu đồ log và loglike tự động xử lý các giá trị bằng không hoặc âm, sử dụng hành vi blockfill và phát ra cảnh báo giải thích việc masking.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

At the moment, cf-plot supports logarithmic level plotting, i.e. when the colour scale is on a log scale to visualise the underlying data in a logarithmic fashion (not to be confused with log axes for the projected flat representation via xlog or ylog, etc.). However, when there are array values which are invalid for the domain of a log operation, namely zero or negative, they cause the plot to show an opaque error of ValueError: zero-size array to reduction operation maximum which has no identity. A log plot can still be produced by masking the invalid values out and then plotting with blockfill=True to handle the masked values (see example below), but this all needs to be done manually as prep. We should allow the log call to work as-is where the invalid domain values are masked automatically and the plot is converted to a blockfill, with a warning-level log message to indicate why this has occured.

MRE of failing naive log attempt and workaround

(From a real user support case today.)

>>> a = cf.read("liap_MMR_2006bco.nc")[0]
>>> >>> f = a[0, 0]
>>> f
<CF Field: long_name=actual contrail coverage (not area weighted)(long_name=hours since 1900-01-01 00:00 UTC at the first of the month(1), long_name=pressure_level(1), long_name=latitude(73), long_name=longitude(144)) %>
>>> f.shape
(1, 1, 73, 144)
>>> cfp.con(f)  # non-log plot, works
>>>
>>> # Attempt to get a log plot via the supported approach 
>>> cfp.setvars(level_spacing="log")
>>> cfp.con(f)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/slb93/git-repos/cf-plot/cfplot/cfplot.py", line 3438, in con
    clevs, mult, fmult = calculate_levels(
                         ^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/git-repos/cf-plot/cfplot/cfplot.py", line 10183, in calculate_levels
    close_below = np.max(field[pts])
                  ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/miniconda3/envs/old-sphinx-cf-doc-build-only/lib/python3.11/site-packages/numpy/_core/fromnumeric.py", line 3164, in max
    return _wrapreduction(a, np.maximum, 'max', axis, None, out,
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/miniconda3/envs/old-sphinx-cf-doc-build-only/lib/python3.11/site-packages/numpy/_core/fromnumeric.py", line 86, in _wrapreduction
    return ufunc.reduce(obj, axis, dtype, out, **passkwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
ValueError: zero-size array to reduction operation maximum which has no identity
>>> cfp.setvars(level_spacing="loglike")
>>> cfp.con(f)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/slb93/git-repos/cf-plot/cfplot/cfplot.py", line 3438, in con
    clevs, mult, fmult = calculate_levels(
                         ^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/git-repos/cf-plot/cfplot/cfplot.py", line 10183, in calculate_levels
    close_below = np.max(field[pts])
                  ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/miniconda3/envs/old-sphinx-cf-doc-build-only/lib/python3.11/site-packages/numpy/_core/fromnumeric.py", line 3164, in max
    return _wrapreduction(a, np.maximum, 'max', axis, None, out,
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/home/slb93/miniconda3/envs/old-sphinx-cf-doc-build-only/lib/python3.11/site-packages/numpy/_core/fromnumeric.py", line 86, in _wrapreduction
    return ufunc.reduce(obj, axis, dtype, out, **passkwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
ValueError: zero-size array to reduction operation maximum which has no identity
>>>
>>> # Workaround by masking values out of the valid domain then plotting with blockfill=True
>>> a_with_zeros_masked = a.where(cf.isclose(0.0), cf.masked)  # mask out all zero values - note you need cf.isclose() to deal with float precision differences
>>> cfp.setvars()  # reset level spacing from before
>>> cfp.con(a_with_zeros_masked[0, 0], blockfill=True)  # standard, non-log plot
>>> cfp.setvars(level_spacing="log")
>>> cfp.con(a_with_zeros_masked[0, 0], blockfill=True)   # logarithmic scale plot, works
Ngôn ngữ chính
Python
Star
21
Fork
11
Merge trung bình
7 giờ 11 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của NCAS-CMS/cf-plot

Tất cả issue của NCAS-CMS/cf-plot

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.