Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Rxd parameter issue

Đang mở
#601 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

@salvadord đang làm issue này rồi.

Từ ngày 22/11/2022.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

Use tutorial 3a and then changed RxD as per screenshot
scrnli_18_11_2022_14-18-26.png

---------------------------------------------------------------------------
KeyError                                  Traceback (most recent call last)
~/git/netpyne-ui/netpyne_ui/netpyne_geppetto.py in instantiateNetPyNEModelInGeppetto(self=<netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object>, args={})
    193             with redirect_stdout(sys.__stdout__):
    194                 if not args.get("usePrevInst", False):
--> 195                     netpyne_model = self.instantiateNetPyNEModel()
        netpyne_model = undefined
        self.instantiateNetPyNEModel = <bound method NetPyNEGeppetto.instantiateNetPyNEModel of <netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object at 0x7f8a28195250>>
    196                     self.geppetto_model = self.model_interpreter.getGeppettoModel(netpyne_model)
    197 

~/git/netpyne-ui/netpyne_ui/netpyne_geppetto.py in instantiateNetPyNEModel(self=<netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object>)
    665             #netcoded = jsonpickle.encode(self.netParams, unpicklable=False)
    666             #simcoded = jsonpickle.encode(self.simConfig, unpicklable=False)
--> 667             sim.create(self.netParams, self.simConfig)
        global sim.create = <function create at 0x7f8a290a3b90>
        self.netParams = <netpyne.specs.netParams.NetParams object at 0x7f89c3d4be50>
        self.simConfig = <netpyne.specs.simConfig.SimConfig object at 0x7f89c250ff10>
    668             sim.net.defineCellShapes()  # creates 3d pt for cells with stylized geometries
    669             sim.gatherData(gatherLFP=False)

~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/sim/wrappers.py in create(netParams=<netpyne.specs.netParams.NetParams object>, simConfig=<netpyne.specs.simConfig.SimConfig object>, output=False, clearAll=False)
     55     conns = sim.net.connectCells()                # create connections between cells based on params
     56     stims = sim.net.addStims()                    # add external stimulation to cells (IClamps etc)
---> 57     rxd = sim.net.addRxD()                    # add reaction-diffusion (RxD)
        rxd = undefined
        sim.net.addRxD = <bound method addRxD of <netpyne.network.network.Network object at 0x7f89d05a4050>>
     58     simData = sim.setupRecording()             # setup variables to record for each cell (spikes, V traces, etc)
     59 

~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/network/netrxd.py in addRxD(self=<netpyne.network.network.Network object>, nthreads=None)
     75         rxdParams = sim.net.params.rxdParams
     76         if 'regions' in rxdParams:
---> 77             self._addRegions(rxdParams['regions'])
        self._addRegions = <bound method _addRegions of <netpyne.network.network.Network object at 0x7f89d05a4050>>
        rxdParams = {constants: {ip3_init: 0.0, caDiff: 0.08, ip3Diff: 1.41, caci_init: 1e-05, caco_init: 2.0, gip3r: 1204000, gserca: 0.3913, gleak: 6.02, kserca: 0.1, kip3: 0.15, kact: 0.4, ip3rtau: 2000, fc: 0.8, fe: 0.2, margin: 20}, regions: {cyt: {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'Adend3'], 'nrn_region': 'i', 'geometry': 'membrane', 'dimension': None, 'dx': None}, er: {'cells': 'all', 'secs': 'all', 'geometry': {'class': 'FractionalVolume', 'args': {'volume_fraction': 0.2}}}, cyt_er_membrane: {'cells': 'all', 'secs': 'all', 'geometry': {'class': 'ScalableBorder', 'args': {'scale': 1, 'on_cell_surface': False}}}, ecs: {'extracellular': True, 'xlo': -20, 'ylo': -520, 'zlo': -20, 'xhi': 120, 'yhi': 20, 'zhi': 120, 'dx': 5, 'volume_fraction': 0.2, 'tortuosity': 1.6}}, species: {ca: {'regions': ['cyt', 'er', 'ecs'], 'd': 0.08, 'charge': 2, 'initial': 'caco_init if isinstance(node,rxd.node.NodeExtracellular) else (0.0017 - caci_init * fc) / fe if node.region == er else caci_init'}, ip3: {'regions': ['cyt'], 'd': 1.41, 'initial': 0.0}}, states: {ip3r_gate_state: {'regions': ['cyt_er_membrane'], 'initial': 0.8}}, multicompartmentReactions: {serca: {'reactant': 'ca[cyt]', 'product': 'ca[er]', 'rate_f': 'gserca / ((kserca / (1000. * ca[cyt])) ** 2 + 1)', 'membrane': 'cyt_er_membrane', 'custom_dynamics': True}, leak: {'reactant': 'ca[er]', 'product': 'ca[cyt]', 'rate_f': 6.02, 'rate_b': 6.02, 'membrane': 'cyt_er_membrane'}, ip3r: {'reactant': 'ca[er]', 'product': 'ca[cyt]', 'rate_f': 'gip3r * (ip3[cyt] * 1000. * ca[cyt] / (ip3[cyt] + kip3) / (1000. * ca[cyt] + kact) * ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) ** 3', 'rate_b': 'gip3r * (ip3[cyt] * 1000. * ca[cyt] / (ip3[cyt] + kip3) / (1000. * ca[cyt] + kact) * ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) ** 3', 'membrane': 'cyt_er_membrane'}}, rates: {ip3rg: {'species': 'ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]', 'rate': '(1. / (1 + 1000. * ca[cyt] / (0.3)) - ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) / ip3rtau'}}}
     78         if 'extracellular' in rxdParams:
     79             #self._addExtracellular(rxdParams['extracellular'])

~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/network/netrxd.py in _addRegions(self=<netpyne.network.network.Network object>, params={cyt: {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'A...': 5, 'volume_fraction': 0.2, 'tortuosity': 1.6}})
    159             nrnSecs = list(sim.h.allsec())
    160         else:
--> 161             cells = sim.getCellsList(param['cells'])
        cells = undefined
        sim.getCellsList = <function getCellsList at 0x7f89c51f4170>
        param = {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'Adend3'], 'nrn_region': 'i', 'geometry': 'membrane', 'dimension': None, 'dx': None}
    162             nrnSecs = []
    163             for cell in cells:

~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/sim/utils.py in getCellsList(include=['I', 'E'], returnGids=False)
     96 
     97         elif isinstance(condition, basestring):  # entire pop
---> 98             cellGids.extend(list(sim.net.pops[condition].cellGids))
        global cellGids.extend = undefined
        global list = undefined
        sim.net.pops = {E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c231a790>, I2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f8a28fe6b10>, E4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cff50>, I4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf690>, E5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf790>, I5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}
        global condition.cellGids = undefined
     99 
    100         elif isinstance(condition, tuple) or isinstance(condition, list):  # subset of a pop with relative indices

~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/specs/dicts.py in __getitem__(self={E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c2...etpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}, k='I')
    195 
    196     def __getitem__(self, k):
--> 197         return super(ODict, self).__getitem__(k)
        global super = <class 'super'>
        global ODict = <class 'netpyne.specs.dicts.ODict'>
        self.__getitem__ = <bound method ODict.__getitem__ of {E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c231a790>, I2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f8a28fe6b10>, E4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cff50>, I4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf690>, E5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf790>, I5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}>
        k = 'I'
    198 
    199 

KeyError: 'I'
Ngôn ngữ chính
JavaScript
Star
23
Fork
10
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của MetaCell/NetPyNE-UI

Tất cả issue của MetaCell/NetPyNE-UI

Issue tương tự

Thêm issue về JavaScript

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.