Rxd parameter issue
@salvadord đang làm issue này rồi.
Từ ngày 22/11/2022.
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.
Mô tả
Use tutorial 3a and then changed RxD as per screenshot
---------------------------------------------------------------------------
KeyError Traceback (most recent call last)
~/git/netpyne-ui/netpyne_ui/netpyne_geppetto.py in instantiateNetPyNEModelInGeppetto(self=<netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object>, args={})
193 with redirect_stdout(sys.__stdout__):
194 if not args.get("usePrevInst", False):
--> 195 netpyne_model = self.instantiateNetPyNEModel()
netpyne_model = undefined
self.instantiateNetPyNEModel = <bound method NetPyNEGeppetto.instantiateNetPyNEModel of <netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object at 0x7f8a28195250>>
196 self.geppetto_model = self.model_interpreter.getGeppettoModel(netpyne_model)
197
~/git/netpyne-ui/netpyne_ui/netpyne_geppetto.py in instantiateNetPyNEModel(self=<netpyne_ui.netpyne_geppetto.NetPyNEGeppetto object>)
665 #netcoded = jsonpickle.encode(self.netParams, unpicklable=False)
666 #simcoded = jsonpickle.encode(self.simConfig, unpicklable=False)
--> 667 sim.create(self.netParams, self.simConfig)
global sim.create = <function create at 0x7f8a290a3b90>
self.netParams = <netpyne.specs.netParams.NetParams object at 0x7f89c3d4be50>
self.simConfig = <netpyne.specs.simConfig.SimConfig object at 0x7f89c250ff10>
668 sim.net.defineCellShapes() # creates 3d pt for cells with stylized geometries
669 sim.gatherData(gatherLFP=False)
~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/sim/wrappers.py in create(netParams=<netpyne.specs.netParams.NetParams object>, simConfig=<netpyne.specs.simConfig.SimConfig object>, output=False, clearAll=False)
55 conns = sim.net.connectCells() # create connections between cells based on params
56 stims = sim.net.addStims() # add external stimulation to cells (IClamps etc)
---> 57 rxd = sim.net.addRxD() # add reaction-diffusion (RxD)
rxd = undefined
sim.net.addRxD = <bound method addRxD of <netpyne.network.network.Network object at 0x7f89d05a4050>>
58 simData = sim.setupRecording() # setup variables to record for each cell (spikes, V traces, etc)
59
~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/network/netrxd.py in addRxD(self=<netpyne.network.network.Network object>, nthreads=None)
75 rxdParams = sim.net.params.rxdParams
76 if 'regions' in rxdParams:
---> 77 self._addRegions(rxdParams['regions'])
self._addRegions = <bound method _addRegions of <netpyne.network.network.Network object at 0x7f89d05a4050>>
rxdParams = {constants: {ip3_init: 0.0, caDiff: 0.08, ip3Diff: 1.41, caci_init: 1e-05, caco_init: 2.0, gip3r: 1204000, gserca: 0.3913, gleak: 6.02, kserca: 0.1, kip3: 0.15, kact: 0.4, ip3rtau: 2000, fc: 0.8, fe: 0.2, margin: 20}, regions: {cyt: {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'Adend3'], 'nrn_region': 'i', 'geometry': 'membrane', 'dimension': None, 'dx': None}, er: {'cells': 'all', 'secs': 'all', 'geometry': {'class': 'FractionalVolume', 'args': {'volume_fraction': 0.2}}}, cyt_er_membrane: {'cells': 'all', 'secs': 'all', 'geometry': {'class': 'ScalableBorder', 'args': {'scale': 1, 'on_cell_surface': False}}}, ecs: {'extracellular': True, 'xlo': -20, 'ylo': -520, 'zlo': -20, 'xhi': 120, 'yhi': 20, 'zhi': 120, 'dx': 5, 'volume_fraction': 0.2, 'tortuosity': 1.6}}, species: {ca: {'regions': ['cyt', 'er', 'ecs'], 'd': 0.08, 'charge': 2, 'initial': 'caco_init if isinstance(node,rxd.node.NodeExtracellular) else (0.0017 - caci_init * fc) / fe if node.region == er else caci_init'}, ip3: {'regions': ['cyt'], 'd': 1.41, 'initial': 0.0}}, states: {ip3r_gate_state: {'regions': ['cyt_er_membrane'], 'initial': 0.8}}, multicompartmentReactions: {serca: {'reactant': 'ca[cyt]', 'product': 'ca[er]', 'rate_f': 'gserca / ((kserca / (1000. * ca[cyt])) ** 2 + 1)', 'membrane': 'cyt_er_membrane', 'custom_dynamics': True}, leak: {'reactant': 'ca[er]', 'product': 'ca[cyt]', 'rate_f': 6.02, 'rate_b': 6.02, 'membrane': 'cyt_er_membrane'}, ip3r: {'reactant': 'ca[er]', 'product': 'ca[cyt]', 'rate_f': 'gip3r * (ip3[cyt] * 1000. * ca[cyt] / (ip3[cyt] + kip3) / (1000. * ca[cyt] + kact) * ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) ** 3', 'rate_b': 'gip3r * (ip3[cyt] * 1000. * ca[cyt] / (ip3[cyt] + kip3) / (1000. * ca[cyt] + kact) * ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) ** 3', 'membrane': 'cyt_er_membrane'}}, rates: {ip3rg: {'species': 'ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]', 'rate': '(1. / (1 + 1000. * ca[cyt] / (0.3)) - ip3r_gate_state[cyt_er_membrane]) / ip3rtau'}}}
78 if 'extracellular' in rxdParams:
79 #self._addExtracellular(rxdParams['extracellular'])
~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/network/netrxd.py in _addRegions(self=<netpyne.network.network.Network object>, params={cyt: {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'A...': 5, 'volume_fraction': 0.2, 'tortuosity': 1.6}})
159 nrnSecs = list(sim.h.allsec())
160 else:
--> 161 cells = sim.getCellsList(param['cells'])
cells = undefined
sim.getCellsList = <function getCellsList at 0x7f89c51f4170>
param = {'cells': ['I', 'E'], 'secs': ['Bdend', 'Adend3'], 'nrn_region': 'i', 'geometry': 'membrane', 'dimension': None, 'dx': None}
162 nrnSecs = []
163 for cell in cells:
~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/sim/utils.py in getCellsList(include=['I', 'E'], returnGids=False)
96
97 elif isinstance(condition, basestring): # entire pop
---> 98 cellGids.extend(list(sim.net.pops[condition].cellGids))
global cellGids.extend = undefined
global list = undefined
sim.net.pops = {E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c231a790>, I2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f8a28fe6b10>, E4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cff50>, I4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf690>, E5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf790>, I5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}
global condition.cellGids = undefined
99
100 elif isinstance(condition, tuple) or isinstance(condition, list): # subset of a pop with relative indices
~/git/netpyne-ui/src/netpyne/netpyne/specs/dicts.py in __getitem__(self={E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c2...etpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}, k='I')
195
196 def __getitem__(self, k):
--> 197 return super(ODict, self).__getitem__(k)
global super = <class 'super'>
global ODict = <class 'netpyne.specs.dicts.ODict'>
self.__getitem__ = <bound method ODict.__getitem__ of {E2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c231a790>, I2: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f8a28fe6b10>, E4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cff50>, I4: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf690>, E5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23cf790>, I5: <netpyne.network.pop.Pop object at 0x7f89c23eb250>}>
k = 'I'
198
199
KeyError: 'I'
- Ngôn ngữ chính
- JavaScript
- Star
- 23
- Fork
- 10
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của MetaCell/NetPyNE-UI
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
MetaCell/NetPyNE-UI#835 ·
-
Docker Build Error: Failed to Pull jupyter/base-notebook:hub-1.5.0 Due to Authorization Issue Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
MetaCell/NetPyNE-UI#832 ·
-
CNS24 Tutorial - Issues Đang mở
MetaCell/NetPyNE-UI#829 · 2 bình luận · 3 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
MetaCell/NetPyNE-UI#794 · 2 bình luận ·
-
MetaCell/NetPyNE-UI#793 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
Tất cả issue của MetaCell/NetPyNE-UI
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
palladius/rails8-app-on-gcp#145 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
dotenvx/dotenv-vscode#139 ·
-
test-change-proposal
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
web-platform-tests/interop#1455 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
corsairdev/corsair#1764 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100