Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

`find_local_peaks` ignores the sample at `i + radius`, so points on a rising slope are returned as peaks

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#572 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
84/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong wfdb/processing/peaks.py tại find_local_peaks và kiểm tra các lát cắt cửa sổ trong các vòng lặp của nó. Sử dụng bản tái hiện được cung cấp để xác minh rằng biên bên phải được xét đến với mỗi bán kính, sau đó kiểm tra tính tương thích của các vị trí gọi XQRS trong qrs.py. Được coi là hoàn tất khi đầu ra khớp với các trường hợp tham chiếu mà không thay đổi TODO flat-top riêng biệt.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The docstring of wfdb.processing.find_local_peaks says a sample is a local peak "if it is the largest value within the samples on its left and right". The window it actually checks leaves out the right side:

# wfdb/processing/peaks.py
while i < radius + 1:
    if sig[i] == max(sig[: i + radius]):          # right side stops at i + radius - 1
...
while i < len(sig):
    if sig[i] == max(sig[i - radius : i + radius]):  # sample i + radius is never looked at

Python slices exclude the end, so sig[i + radius] is never compared. With radius=1 the right neighbour is not checked at all, so every sample on a rising edge counts as a peak. With bigger radii a sample still wins if the only larger value is exactly radius samples to its right.

Reproduction

import numpy as np
from wfdb.processing import find_local_peaks

def reference(sig, radius):
    # what the docstring describes
    out = []
    for i in range(len(sig)):
        lo, hi = max(0, i - radius), min(len(sig), i + radius + 1)
        if sig[i] == sig[lo:hi].max():
            out.append(i)
    return out

for sig, r in [
    (np.array([0, 1, 2, 3, 2, 1, 0], dtype=float), 1),
    (np.array([0, 1, 3, 2, 10, 5, 1, 0], dtype=float), 2),
]:
    print(sig.astype(int).tolist(), "radius", r)
    print("  find_local_peaks:", find_local_peaks(sig, r).tolist())
    print("  expected        :", reference(sig, r))

Output:

[0, 1, 2, 3, 2, 1, 0] radius 1
  find_local_peaks: [0, 1, 2, 3]
  expected        : [3]
[0, 1, 3, 2, 10, 5, 1, 0] radius 2
  find_local_peaks: [2, 4]
  expected        : [4]

In the first case indices 0, 1 and 2 are all on the way up to the real maximum at index 3. In the second case index 2 (value 3) is reported even though index 4 (value 10) is only 2 samples away.

Why it matters

XQRS uses this function to pick QRS candidates (qrs.py, lines 236 and 283), so a candidate can end up on the slope next to the real peak, not on the peak itself. With real ECG sampling rates the radius is large, so this probably shows up rarely there, but anyone calling find_local_peaks directly with a small radius gets wrong results.

Possible fix

Include the right edge in both slices (sig[: i + radius + 1] and sig[i - radius : i + radius + 1]). The third loop is unreachable (already reported in #474), so it can go away in the same change. I have not touched the flat-top case that the TODO comment mentions; that looks like a separate question.

Versions

  • wfdb 4.3.1 from PyPI, and also current main (f627b5f), same output
  • numpy 2.5.3, Python 3.12.13, macOS 26.4.1
Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
853
Fork
322
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của MIT-LCP/wfdb-python

Tất cả issue của MIT-LCP/wfdb-python

Issue tương tự

Thêm issue về Data Engineering

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.