Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Guidance on how to best implement labeled graphs in this library

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#82 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
julia
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng việc xem xét hàm loadgraphml hiện có và cấu trúc LabeledGraph được đề xuất. So sánh nó với GNNGraph của GNNGraphs.jl và cuộc thảo luận được liên kết của Graphs.jl về các chỉ mục cạnh. Bước tiếp theo là thống nhất API gắn nhãn với các maintainer trước khi chuẩn bị pull request cho một bộ phân tích GXL.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

As part of a project I am working, I needed to read in graph files in the GXL graph format, including their label data.
As this format is not yet supported in this library, I would like to contribute my parser (which I wrote by modifying the existing loadgraphml function). The issue is that, as far as I can tell, there is no existing concept on how to implement graph labels in this library, or even in Graphs.jl.

There is an implementation of a labeled graph in GNNGraphs.jl (the GNNGraph), but I don't think this is the correct implementation to use in this library for two reasons:

  1. As I understand the code they rely on edge indices for the edge labels, which I believe is not officially supported by Graphs.jl (see this issue)
  2. It introduces an external dependency that is not really connected to this project

Instead, I have used the following struct to implement labeled graphs, the usage of Dicts inspired by the DataStore in GNNGraphs.jl:

GraphLabels = Dict{String, Any}
struct LabeledGraph
    g::AbstractGraph
    nlabels::Vector{GraphLabels}
    elabels::Matrix{Union{GraphLabels, Missing}}
end

I have used a matrix for the edgelabels to avoid having to index the edges. While it would clearly be more storage efficient to use a vector, I believe having to maintain an edge index list would be even more resource intensive than simply using a matrix. Additionally, one can easily extend this to use sparse matrices instead if the graph in question is sparse and large, and it neatly supports both directed and undirected graphs.

Since there is no precedent for this kind of structure, I propose that my parser for this library be split into two versions. One, which simply returns the underlying graph object, and thus conforms to the existing return structure. The other returns a LabeledGraph object as described above. In my opinion this is the best compromise between not parsing the extra label data at all and introducing a new graph object for everyone immediately.

The purpose of this issue is then to ask for opinions on this proposed implementation before I clean up my code for a pull request. Is this acceptable, or are there things I should do differently?

Ngôn ngữ chính
Julia
Star
62
Fork
30
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của JuliaGraphs/GraphIO.jl

Tất cả issue của JuliaGraphs/GraphIO.jl

Issue tương tự

Thêm issue về Julia

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.