Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Primary JSON and TTL release artefacts get wrong ontology IRI (ONTBASE instead of URIBASE)

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#53 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@matentzn đang làm issue này rồi.

Từ ngày 29/10/2026.

  • #54 của @matentzn — đang mở

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
78/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Lĩnh vực
build-system

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với src/incatools/odk/templates/src/ontology/Makefile.jinja2, đặc biệt là các quy tắc chính cho $(ONT).ttl và $(ONT).json quanh dòng 1805–1815, rồi so sánh các đối số --ontology-iri của chúng với quy tắc cho $(ONT).owl quanh dòng 1555. Kiểm tra Makefile đã được kết xuất bằng ví dụ được cung cấp make -n -B omo.json. Công việc hoàn tất khi các bản xuất JSON và TTL chính sử dụng nhất quán cơ sở IRI chuẩn như OWL, còn các quy tắc biến thể vẫn giữ nguyên các IRI hiện có.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Since the release artefacts section was reformatted, the rules for the primary $(ONT).json and $(ONT).ttl annotate the ontology IRI with $(ONTBASE)/$@ instead of $(URIBASE)/$@. For OBO ontologies that puts the primary JSON/TTL under obo/<id>/<id>.json rather than the canonical obo/<id>.json.

I hit this updating OMO (information-artifact-ontology/ontology-metadata) from v1.6.1 to v1.7. The released omo.json has "id" : "http://purl.obolibrary.org/obo/omo.json"; after the update the next release would ship with http://purl.obolibrary.org/obo/omo/omo.json, which is not the canonical PURL. The $(ONT).owl rule still uses $(URIBASE)/$@, so the primary .owl and .json/.ttl now carry different ontology IRIs. This hits every ODK repo that has json or ttl in export_formats.

The variant rules ($(ONT)-full.json, $(ONT)-base.ttl etc.) were already using $(ONTBASE)/$@ in v1.6.1 and are unchanged. The primary rules used $(URIBASE) and were folded into the variant pattern during the reformat; the commit message says nothing about changing IRIs, so I take this to be a side effect, not a decision. Whether exports should get a format-specific IRI at all is the separate question in INCATools/ontology-development-kit#1366. I compared every --ontology-iri in the 1.6.1 template against the current one: these two rules are the only accidental change.

Examples

v1.6.1:

$(ONT).json: $(ONT).owl
	$(ROBOT) annotate --input $< --ontology-iri $(URIBASE)/$@ $(ANNOTATE_ONTOLOGY_VERSION) \
		convert --check false -f json -o [email protected] &&\
		mv [email protected] $@

v1.7:

$(ONT).json: $(ONT).owl
	$(ROBOT) annotate --input $< --ontology-iri $(ONTBASE)/$@ \
	         $(ANNOTATE_ONTOLOGY_VERSION) \
	         convert --check false --format json --output $@

$(ONT).ttl changed the same way ($(URIBASE)/$@ → $(ONTBASE)/$@); OMO doesn't export TTL so I only saw the JSON one in practice.

With URIBASE=http://purl.obolibrary.org/obo and ONTBASE=http://purl.obolibrary.org/obo/omo, make -n -B omo.json in OMO gives:

robot --catalog catalog-v001.xml annotate --input omo.owl --ontology-iri http://purl.obolibrary.org/obo/omo/omo.json \
	         annotate --version-iri http://purl.obolibrary.org/obo/omo/releases/2026-10-27/omo.json ...
Artefact v1.6.1 ontology IRI v1.7 ontology IRI
omo.owl http://purl.obolibrary.org/obo/omo.owl http://purl.obolibrary.org/obo/omo.owl
omo.json http://purl.obolibrary.org/obo/omo.json http://purl.obolibrary.org/obo/omo/omo.json
omo-full.json http://purl.obolibrary.org/obo/omo/omo-full.json http://purl.obolibrary.org/obo/omo/omo-full.json

Related

  • Template: src/incatools/odk/templates/src/ontology/Makefile.jinja2, L1805-1808 ($(ONT).ttl) and L1812-1815 ($(ONT).json); the $(ONT).owl rule at L1555 still uses $(URIBASE)
  • Introduced in ac746b7 ("Move and re-format the release artefacts section.")
  • INCATools/ontology-development-kit#1366
Ngôn ngữ chính
Jinja
Star
3
Fork
4
Merge trung bình
1 ngày 9 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
11

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của INCATools/odkcore

Tất cả issue của INCATools/odkcore

Issue tương tự

Thêm issue về Build System

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.