Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Remove the exact antlr4-python3-runtime==4.11.* pin

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#418 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
backend, build-system

Hướng nghiên cứu

Start by locating the dependency configuration containing antlr4-python3-runtime and the MuMoT call sites using SymPy's parse_latex. Run tests/test_symbolic_regression.py, then review the Greek-letter notebook, docs/MuMoTuserManual.ipynb, and the minimum_versions_job. Done means the dependency conflict is resolved while all listed parsing and compatibility checks still pass.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Problem

Since #417, every MuMoT dependency is unpinned (lower bounds only) except antlr4-python3-runtime==4.11.*.

The pin is required, not a choice. MuMoT parses model definitions and parameter names with sympy.parsing.latex.parse_latex, whose default ANTLR backend ships a parser generated with ANTLR 4.11. The ANTLR Python runtime only works with parsers generated by the same major.minor version, so SymPy ≥ 1.12 raises ImportError: LaTeX parsing requires the antlr4 Python package ... version 4.11 with any other runtime.

As a result, MuMoT cannot be installed alongside packages that pin a different ANTLR runtime. For example, Hydra/OmegaConf require antlr4-python3-runtime==4.9.*, and pip will refuse to resolve the two together. The pin will also need bumping whenever SymPy regenerates its parser.

Possible approaches

  1. Use SymPy's Lark backend. parse_latex(s, backend='lark') is available from SymPy 1.13 and needs the pure-Python lark package instead of ANTLR. This would remove the ANTLR dependency entirely. However, the Lark grammar is newer and parses some inputs differently: subscripts, \emptyset, Greek letters, and implicit multiplication would all need checking against every model and parameter string MuMoT handles. A fallback could try ANTLR first if it is importable and the right version, else use Lark.
  2. Stop using a general LaTeX parser. MuMoT mostly parses symbol names (e.g. \alpha_\beta, r_{1}) and simple rate expressions. A small dedicated parser for that subset, in the spirit of mumot/_vendor/pydstool/_cst.py, would remove the dependency and be fully under MuMoT's control.
  3. Keep the pin but make it track whatever SymPy needs, e.g. by depending on the latex extra that newer SymPy versions may provide.

Testing any change

  • tests/test_symbolic_regression.py compares symbolic results against the previous release; it exercises model parsing for several models, including Greek letters, subscripts and constant reactants.
  • The test notebooks (in particular TestNotebooks/MiscTests/MuMoTtest_GreekLetters.ipynb) and docs/MuMoTuserManual.ipynb cover the user-facing syntax.
  • The minimum_versions_job CI job checks the oldest allowed versions of all dependencies.
Ngôn ngữ chính
Python
Star
24
Fork
5
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của DiODeProject/MuMoT

Tất cả issue của DiODeProject/MuMoT

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.