Migration to Pandas 3.0
@deruyter92 đang làm issue này rồi.
Từ ngày 10/6/2026.
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.
Mô tả
Tracking issue for migration to Pandas 3.0
Pandas released version 3.0 in Jan 2026 which introduces breaking changes for our codebase. It would be useful to address the places where it currently breaks, so we can remove the upperbound version we introduced in https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut/pull/3186. Even if we eventually drop pandas altogether this is probably a worthwhile effort.
Migration is prepared in separate PRs and will require pre-emptive regression testing before final removal of the upperbound.
Some examples of the required changes are listed here. For a full overview see the Pandas migration guide.
Copy on write (CoW)
This is arguably one of the most important ones as it removes the possibility of mutating parent dataframes via assignments in their subset views (e.g. chained .loc[..] assignment), for more predictable behavior. The worst-case to avoid is that data manipulations in our codebase might silently take no effect on the intended parent DataFrame.
String extension
Pandas 3.0 introduces a new default str datatype that is more efficient than object. Unfortunately this default datatype does not work well with our multi-index HDFs: by default the index/column levels become the new str extension dtype instead of object and PyTables (to_hdf) cannot serialize a MultiIndex whose levels use extension dtypes:
NotImplementedError: Saving a MultiIndex with an extension dtype is not supported.
This would require us to change all dataframes back to object before saving.
PRs
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 5.8k
- Fork
- 1.8k
- Merge trung bình
- 3 ngày 18 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 29
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của DeepLabCut/DeepLabCut
-
napari-dlc
DeepLabCut/DeepLabCut#3524 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Metric path consistency for top-down, and safer snapshot selection when a metric is undefined Đang mởconfig enhancement metrics pytorch
DeepLabCut/DeepLabCut#3521 · 2 người được giao ·
-
bug metrics pytorch
DeepLabCut/DeepLabCut#3518 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
[Task] Improve CI workflows Đang mởCI enhancement
DeepLabCut/DeepLabCut#3517 · 1 bình luận · 2 người được giao ·
-
DeepLabCut/DeepLabCut#3493 · 1 người được giao ·
Tất cả issue của DeepLabCut/DeepLabCut
Issue tương tự
-
enhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
canonical/paas-charm#368 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
tech debt
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
addition to tracking list Đang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
StevenBlack/hosts#3256 ·
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
qualcomm/qai-appbuilder#275 ·