Build fails: `error: no matching function for call to 'get_rounded_size(const unsigned int:30&, const std::size_t&)'`
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 32/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- build-system
Hướng nghiên cứu
Reproduce the failure with the shown R CMD INSTALL invocation, then inspect ipcmutex.cpp and the referenced BH headers: boost/interprocess/detail/segment_manager_helper.hpp and utilities.hpp. Determine whether the incompatible argument types originate in BiocParallel or its BH/Boost dependency; done means a confirmed package-side resolution or a documented upstream report and reference.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
:notice:build ---> Building R-BiocParallel
:debug:build Executing proc-pre-org.macports.build-build-0
:info:build xinstall: mkdir /opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/build
:debug:build Executing org.macports.build (R-BiocParallel)
:debug:build Environment:
:debug:build CC_PRINT_OPTIONS='YES'
:debug:build CC_PRINT_OPTIONS_FILE='/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/.CC_PRINT_OPTIONS'
:debug:build CPATH='/opt/local/include'
:debug:build DEVELOPER_DIR='/Developer'
:debug:build DYLD_LIBRARY_PATH='/opt/local/lib/libgcc'
:debug:build LIBRARY_PATH='/opt/local/lib'
:debug:build MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET='10.6'
:debug:build SOURCE_DATE_EPOCH='1738454598'
:info:build Executing: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/BiocParallel" && /opt/local/bin/R CMD INSTALL . --library=/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/build --install-tests
:debug:build system: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/BiocParallel" && /opt/local/bin/R CMD INSTALL . --library=/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/build --install-tests
:info:build * installing *source* package ‘BiocParallel’ ...
:info:build ** package ‘BiocParallel’ successfully unpacked and MD5 sums checked
:info:build ** using staged installation
:info:build checking whether the C++ compiler works... yes
:info:build checking for C++ compiler default output file name... a.out
:info:build checking for suffix of executables...
:info:build checking whether we are cross compiling... no
:info:build checking for suffix of object files... o
:info:build checking whether the compiler supports GNU C++... yes
:info:build checking whether /opt/local/bin/g++-mp-14 -std=gnu++17 accepts -g... yes
:info:build checking for /opt/local/bin/g++-mp-14 -std=gnu++17 option to enable C++11 features... none needed
:info:build checking for library containing shm_open... none required
:info:build checking for stdio.h... yes
:info:build checking for stdlib.h... yes
:info:build checking for string.h... yes
:info:build checking for inttypes.h... yes
:info:build checking for stdint.h... yes
:info:build checking for strings.h... yes
:info:build checking for sys/stat.h... yes
:info:build checking for sys/types.h... yes
:info:build checking for unistd.h... yes
:info:build checking for sys/mman.h... yes
:info:build configure: creating ./config.status
:info:build config.status: creating src/Makevars
:info:build ** libs
:info:build using C++ compiler: ‘g++-mp-14 (MacPorts gcc14 14.2.0_1+G5+stdlib_flag) 14.2.0’
:info:build using C++11
:info:build Warning in system2("xcrun", "--show-sdk-path", TRUE, TRUE) :
:info:build running command ''xcrun' --show-sdk-path 2>&1' had status 64
:info:build using SDK: ‘NA’‘NA’‘NA’‘NA’‘NA’‘NA’
:info:build /opt/local/bin/g++-mp-14 -std=gnu++11 -I"/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I'/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include' -I'/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/cpp11/include' -isystem/opt/local/include/LegacySupport -I/opt/local/include -fPIC -pipe -Os -arch ppc -c cpp11.cpp -o cpp11.o
:info:build /opt/local/bin/g++-mp-14 -std=gnu++11 -I"/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I'/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include' -I'/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/cpp11/include' -isystem/opt/local/include/LegacySupport -I/opt/local/include -fPIC -pipe -Os -arch ppc -c ipcmutex.cpp -o ipcmutex.o
:info:build In file included from /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/segment_manager.hpp:31,
:info:build from /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/managed_memory_impl.hpp:30,
:info:build from /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/managed_shared_memory.hpp:25,
:info:build from ipcmutex.cpp:14:
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/segment_manager_helper.hpp: In instantiation of 'size_type boost::interprocess::ipcdetail::block_header<size_type>::name_length_offset() const [with size_type = unsigned int]':
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/segment_manager_helper.hpp:379:52: required from 'void boost::interprocess::ipcdetail::block_header<size_type>::store_name_length(name_len_t) [with size_type = unsigned int; name_len_t = short unsigned int]'
:info:build 379 | ::new( reinterpret_cast<char*>(this) + this->name_length_offset()
:info:build | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/segment_manager.hpp:1083:29: required from 'typename Proxy::object_type* boost::interprocess::segment_manager<CharType, MemoryAlgorithm, IndexType>::priv_generic_named_construct(Proxy, unsigned char, const CharT*, size_type, bool, bool, IndexType<boost::interprocess::ipcdetail::index_config<CharT, MemoryAlgorithm> >&) [with Proxy = boost::interprocess::ipcdetail::CtorArgN<boost::interprocess::interprocess_mutex, false>; CharT = char; CharType = char; MemoryAlgorithm = boost::interprocess::rbtree_best_fit<boost::interprocess::mutex_family>; IndexType = boost::interprocess::iset_index; typename Proxy::object_type = boost::interprocess::interprocess_mutex; size_type = unsigned int]'
:info:build 1083 | hdr->store_name_length(static_cast<typename block_header_t::name_len_t>(namelen));
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/segment_manager.hpp:661:13: required from 'typename Proxy::object_type* boost::interprocess::segment_manager<CharType, MemoryAlgorithm, IndexType>::generic_construct(Proxy&, const CharType*, size_type, bool, bool) [with Proxy = boost::interprocess::ipcdetail::CtorArgN<boost::interprocess::interprocess_mutex, false>; CharType = char; MemoryAlgorithm = boost::interprocess::rbtree_best_fit<boost::interprocess::mutex_family>; IndexType = boost::interprocess::iset_index; typename Proxy::object_type = boost::interprocess::interprocess_mutex; size_type = unsigned int]'
:info:build 660 | return this->priv_generic_named_construct
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build 661 | (pr, unique_type, typeid(object_type).name(), num, try2find, dothrow, m_header.m_unique_index);
:info:build | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/named_proxy.hpp:145:40: required from 'T* boost::interprocess::ipcdetail::named_proxy<SegmentManager, T, is_iterator>::operator()(Args&& ...) const [with Args = {}; SegmentManager = boost::interprocess::segment_manager<char, boost::interprocess::rbtree_best_fit<boost::interprocess::mutex_family>, boost::interprocess::iset_index>; T = boost::interprocess::interprocess_mutex; bool is_iterator = false]'
:info:build 145 | return mp_mngr->generic_construct(ctor_obj, mp_name, m_num, m_find, m_dothrow);
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build ipcmutex.cpp:35:64: required from here
:info:build 35 | mtx = shm->find_or_construct<interprocess_mutex>("mtx")();
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/segment_manager_helper.hpp:395:53: error: no matching function for call to 'get_rounded_size(const unsigned int:30&, const std::size_t&)'
:info:build 395 | return this->value_offset() + get_rounded_size(m_value_bytes, ::boost::move_detail::alignment_of<name_len_t>::value);
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build In file included from /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/managed_memory_impl.hpp:26:
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/utilities.hpp:54:17: note: candidate: 'template<class SizeType> SizeType boost::interprocess::ipcdetail::get_rounded_size(SizeType, SizeType)'
:info:build 54 | inline SizeType get_rounded_size(SizeType orig_size, SizeType round_to)
:info:build | ^~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/utilities.hpp:54:17: note: template argument deduction/substitution failed:
:info:build /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4/Resources/library/BH/include/boost/interprocess/detail/segment_manager_helper.hpp:395:53: note: deduced conflicting types for parameter 'SizeType' ('unsigned int' and 'long unsigned int')
:info:build 395 | return this->value_offset() + get_rounded_size(m_value_bytes, ::boost::move_detail::alignment_of<name_len_t>::value);
:info:build | ~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
:info:build make: *** [ipcmutex.o] Error 1
:info:build ERROR: compilation failed for package ‘BiocParallel’
:info:build * removing ‘/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/build/BiocParallel’
:info:build Command failed: cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/BiocParallel" && /opt/local/bin/R CMD INSTALL . --library=/opt/local/var/macports/build/_opt_local_ppcports_R_R-BiocParallel/R-BiocParallel/work/build --install-tests
:info:build Exit code: 1
Or is this a bug in Boost, and I should open an issue with their upstream instead?
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 69
- Fork
- 32
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/BiocParallel
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
Bioconductor/BiocParallel#286 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
Bioconductor/BiocParallel#285 ·
-
futile.logger may be archived from CRANCó thể làm lại được @Jiefei-Wang đã nhận 269 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
Bioconductor/BiocParallel#284 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/BiocParallel#283 · 2 bình luận ·
-
DoparParam: Captured stdout is relayed to stdout for some foreach adapters and stderr for othersĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/BiocParallel#277 ·
Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
documentation
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
Open-Systems-Pharmacology/OSPSuite.ParameterIdentification#308 ·
-
documentation
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
datacarpentry/semester-biology#1266 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
(feat) Additional Arrow supportĐang mởenhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
REditorSupport/vscode-R#1785 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày