Per-frame F0 baseline rises artificially at the end of each analysis trial

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#17 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 5 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
28/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start in extractTrial and trace how splitFreq, fitB, and the sources/temporal/F0 baseline are produced. Plot B and the splitFreq low-pass for single pixels near trial ends, as suggested, to identify where the rise begins. Done means the baseline no longer rises artificially at trial ends and F0 behaves consistently across trial edges; the issue gives no test or validation entry point.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug

Summary

Source extraction's per-frame baseline (B in extractTrial, reported per source as sources/temporal/F0) rises over the last few seconds of every analysis trial. Over the same frames the raw fluorescence falls, so the rise comes from the baseline fit rather than the data. It also contributes to steps in F0 at trial edges.

Evidence

Dataset: 780125 Neuron1, 2025-03-14 (Z:\ophys\Maedeh\V1_visual_stimuli\780125\slap2_780125_2025-03-14_09-30-06\Neuron1), analysis trials 2–6 (five 28 s trials, about 0.55 s apart), SLAP2, 200 Hz analysis rate.

Method: each source's per-frame F0 was divided by its own median and averaged across sources, with discarded frames excluded. Each trial was then normalized to its own mean and the trials were averaged. global/F (raw whole-field fluorescence) is the reference.

Path2 (dendrites, 68 sources) Path1 (soma plane, 107 sources)
Last 2 s vs. trial middle, F0 +1.2% +2.2%
Last 2 s vs. trial middle, global F −1.0% −3.4%
First 2 s vs. trial middle, F0 +6.8% +4.8%
First 2 s vs. trial middle, global F +3.1% +6.4%
F0 step across the 4 trial edges +4.2, +2.3, +1.9, +1.5% −0.6, −3.5, +0.1, −0.5%
Global F step across the same edges +2.5, +0.3, −0.1, +0.8% −1.9, +1.3, +0.3, +2.0%
  • Trial ends: F0 and raw fluorescence move in opposite directions, so this looks like an artifact.
  • Trial starts: raw fluorescence really is higher (recovery during the gap between trials), but on Path2 F0's start excess is about twice global F's, so F0 likely overshoots there too.
  • Not footprint scale: sources/temporal/F0 = H'B/sum(H.^2) depends on footprint shape, but the median sum(H.^2) is constant across trials, and the footprint-weighted mean of B shows the same pattern.

Likely causes (not yet confirmed)

  • splitFreq interpolates the lower envelope of page means with interp1(..., 'linear', 'extrap'), so the baseline is extrapolated past the last full page. lowess and movmean smoothing are also less constrained at the ends.
  • fitB includes sinePredictors and the surround high-pass terms, which are unconstrained at the trial boundaries.

Suggested next steps

  • Plot B and the splitFreq low-pass for single pixels near trial ends, to see which step introduces the rise.
  • Consider fitting the baseline over padded data (reflect at the edges) or fitting adjacent trials jointly, so the baseline can't diverge at trial edges.

Workaround in progress

The per-trial F0 images being added to per_trial_summary.h5 (per_trial_F0_im) will leave out the first and last few seconds of each trial when averaging. The per-frame F0 traces (sources/temporal/F0) are still affected.

Ngôn ngữ chính
MATLAB
Star
3
Fork
3
Merge trung bình
4 ngày 6 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
6

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của AllenNeuralDynamics/GIAnT-MATLAB

Tất cả issue của AllenNeuralDynamics/GIAnT-MATLAB

Issue tương tự

Thêm issue về MATLAB

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.