tseemann/nullarbor

including low coverage sequences causes nullarbor to exit prematurely without error message

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#40 aberto em 1 de fev. de 2016

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 (6 comentários) (0 reação) (1 responsável)Perl (39 forks)github user discovery
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Description

Nullarbor seemed to stop during assembly stage using spades - I couldn't see any error message. I found 2 sequences that were low coverage (9x and 17x), and when I re-ran nullarbor in the same folder using an edited Makefile excluding these two sequences, it ran as expected.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Inspecione o Makefile e os comandos de montagem do spades para identificar por que sequências de baixa cobertura causam saída prematura sem mensagem de erro.
Pilha de tecnologia
perl
Domain
data
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Git
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
75