tseemann/mlst

Title fight: mlst vs cge

Aberta

#102 aberto em 19 de mar. de 2021

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 (2 comentários) (0 reação) (1 responsável)Perl (58 forks)github user discovery
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Description

Trying to understand a discrepancy between my much loved mlst vs CGE webtool (https://cge.cbs.dtu.dk/services/).
I have an isolate of S.suis, sequenced with Illumina > denovo assembled contigs generated with unicycler. I am getting 100% match on an allele with CGE (mutS_408) but in mlst I am getting "novel" allele (mutS_317). When I take that novel allele output and run through CGE i get 100% match to CGE allele (mutS_408).

All inputs for mlst are default except for --novel and --csv flags.

Just trying to figure out where i might be generating errors.

love your work, thank you for maintaining mlst.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Compare a sequência do novo alelo relatado pelo mlst com o banco de dados CGE para identificar discrepâncias. Verifique as sequências de referência usadas por ambas as ferramentas.
Pilha de tecnologia
perl
Domain
data
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
None
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50