sanger-tol/sequencecomposition

Gap coordinates report

Aberta

#54 aberto em 4 de jun. de 2026

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 (0 comentário) (0 reação) (0 responsável)Nextflow (3 forks)auto 404
enhancementgood first issueuser request

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Description

Description of feature

Run seqtk gap -l 0 to get a BED file with the gap coordinates. Send the file to bgzip, tabix, etc.

This would be the time we introduce a list of "tools" or "steps" that the user could configure

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Investigue o pipeline Nextflow para entender como as etapas são definidas e parametrizadas, depois projete uma opção configurável para adicionar um relatório de coordenadas de lacunas executando `seqtk gap l 0` e processando a saída com bgzip e tabix.
Pilha de tecnologia
groovyshell
Domain
bioinformatics
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Recente
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
GitNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
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