sanger-tol/sequencecomposition

Genome mappability

Aberta

#30 aberto em 2 de mai. de 2022

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Description

Description of feature

It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Comece explorando a estrutura do repositório e os módulos Nextflow existentes para entender como as estatísticas são atualmente calculadas e relatadas. Identifique o arquivo principal do workflow e como os processos são definidos. Em seguida, investigue como adicionar um novo processo para mapeabilidade. Considere usar WGSIM para simular leituras do genoma, alinhá las de volta ao genoma e calcular a porcentagem de leituras mapeadas. Verifique a configuração de contêineres (ex.: Docker ou Conda) para ver como ferramentas externas são integradas.
Pilha de tecnologia
None
Domain
data
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
GitNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
55