sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

Aberta

#26 aberto em 17 de jun. de 2024

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Description

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Inspecione o módulo fasta windows existente para entender como as frequências de 3 mer são calculadas. Determine onde adicionar a trilha de frequência de codons de parada e como parametrizar a tabela de codons. Verifique se o JSON de entrada do NCBI datasets inclui taxon id para selecionar automaticamente a tabela de codons correta.
Pilha de tecnologia
groovyshell
Domain
bioinformaticsdata
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Principalmente claro
Prerequisites
GitNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
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