sanger-tol/sequencecomposition

LTR retrotransposons from `LTRharvest`

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#18 aberto em 2 de jun. de 2024

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Description

Copy the functionality from the GDA pipeline.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Explore o pipeline GDA (https://github.com/sanger tol/gda) para localizar o código que lida com retrotransposons LTR, especialmente módulos ou processos que usam LTRharvest. Entenda como o pipeline GDA integra essa funcionalidade e quais entradas/saídas ele espera. Em seguida, compare com a estrutura do sequencecomposition para determinar onde e como adicionar funcionalidade semelhante, seguindo os padrões de módulo e workflow do Nextflow existentes.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
bioinformatics
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Precisa de investigação
Prerequisites
GitNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50