sanger-tol/sequencecomposition

stainedglass self-alignment heatmap

Aberta

#14 aberto em 28 de nov. de 2023

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Description

Description of feature

stainedglass is particularly useful for disentangling tandem repeat structures and segmental duplications. Under the hood, it is a snakemake workflow of bwa mem alignments of chunked genome + some custom scripts for transformation of the alignments into a heatmap. It can produce higlass-compatible cooler output:

cd StainedGlass
samtools faidx ref.fa
snakemake --use-conda --cores 16 cooler_density --config nbatch=4 alnthreads=4 fasta=ref.fa window=32 cooler_window=100 sample=sample_id

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Revise a estrutura do workflow Nextflow do repositório, examine os processos existentes para entender como adicionar um novo e estude o StainedGlass para ver como incorporar a geração do heatmap de auto alinhamento ao pipeline. Além disso, leia os comentários da issue para quaisquer requisitos específicos.
Pilha de tecnologia
groovyshell
Domain
databackend
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Principalmente claro
Prerequisites
GitNextflowGroovyShell
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
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