nf-core/sarek

joint genotyping optimal strategy

Aberta

#923 aberto em 25 de jan. de 2023

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Description

Working with a large-ish dataset (30TB raw reads), and was wondering what a good strategy would be for working with the joint_germline option to get cohort SNP calls. Would it make more sense to try to genotype all individuals together, or parallelize the joint genotyping runs across smaller groups of samples and then filter and combine with bcftools across jointgermline outputs?

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Compare os prós e contras da genotipagem conjunta de todas as amostras juntas versus a paralelização em grupos menores, considerando recursos computacionais e precisão.
Pilha de tecnologia
None
Domain
backend
Tipo Issue
Pesquisa
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
None
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
70