nf-core/sarek

Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

Aberta

#1.883 aberto em 2 de mai. de 2025

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Description

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Localize a definição do processo Mutect2 no pipeline, adicione o parâmetro alleles ao comando e atualize quaisquer arquivos de configuração relacionados.
Pilha de tecnologia
None
Domain
data
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Recente
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Nextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
70