nf-core/sarek

Proposals for Sarek Tutorials on use-cases

Aberta

#1.704 aberto em 28 de out. de 2024

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Description

@edmundmiller and friends :) this is a placeholder to collect ideas to realise additional tutorials on use-cases of sarek Variant Calling is currently being integrated (http://lescai-teaching.github.io/sarek-tutorial/) into sarek repo usage docs. Similar things could be realised for:

  • CNV calling
  • UMI somatic variant calling [ propose others here]

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Identifique casos de uso comuns para sarek além da chamada de variantes padrão, como chamada de CNV e chamada de variantes somáticas UMI, e proponha tópicos de tutorial.
Pilha de tecnologia
None
Domain
documentation
Tipo Issue
Documentação
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
Menos de 1 hora
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
None
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
75