nf-core/sarek

No status is 0 - but contains tumor only sample error message

Aberta

#1.685 aberto em 11 de out. de 2024

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Description

Description of the bug

The sample-sheet only contains tumor-samples, but the following tools, which were requested by the option "tools", expect at least one normal-sample : deepvariant, haplotypecaller

while running with a samplesheet with no status and these tools

Command used and terminal output

No response

Relevant files

No response

System information

No response

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Localize o código de validação da planilha de amostras e rastreie como o requisito de amostra normal é aplicado para as ferramentas listadas. Considere modificar a validação para permitir apenas amostras tumorais quando ferramentas apropriadas não forem selecionadas.
Pilha de tecnologia
None
Domain
data
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Git
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
75