nf-core/deepvariant

Add CRAM support

Aberta

#26 aberto em 20 de fev. de 2020

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Description

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Investigue como o pipeline atualmente descobre arquivos BAM e modifique o para também lidar com arquivos CRAM. Observe que o CRAM requer um genoma de referência para descompactação, então verifique como fornecê lo na configuração do pipeline.
Pilha de tecnologia
None
Domain
backend
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
Meio dia
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
GitNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
65