nf-core/deepvariant

Add CRAM support

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#26 opened on 2020/02/20

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説明

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

コントリビューターガイド

調査方針
パイプラインが現在BAMファイルをどのように検出しているかを調査し、CRAMファイルも処理できるように変更します。CRAMは解凍に参照ゲノムが必要なので、パイプライン設定でそれを提供する方法を確認してください。
技術スタック
なし
領域
backend
Issue 種別
機能
難度新しい貢献者にとっての実装難度です。1 は非常に小さな変更、5 は専門的な作業です。
3
推定時間経験ある貢献者が調査、実装、テスト、pull request 準備にかけるおおよその時間範囲です。
半日
活動状況Issue が今どれだけ取り組みやすいかを示します。新しい、活発、古い、ブロック中、またはメンテナー入力待ちなどです。
アクティブ
明確さ期待される変更、受け入れ条件、次の手順がどれだけ明確かを示します。
明確
前提条件
GitNextflow
初心者向け度初回貢献者にどれだけ取り組みやすいかを 1-100 で推定したスコアです。
65