modkit pileup --include-bed silently rejects BED4 files, produces zero valid positions with no warning
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評価
調査の方向性
Start at the modkit pileup entry point and trace how --include-bed parses the supplied BED file. Reproduce the BED4 command from the issue, then add coverage for the observed behavior and ensure completion is either a clear warning for rejected positions or successful BED4 interval handling.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Description
When --include-bed is passed a BED4 file (4 columns: chr, start, end, name), modkit pileup silently parses zero valid positions and produces an empty or near-empty bedMethyl output. No warning or error is emitted to indicate that the BED file was rejected or that positions were skipped.
Steps to reproduce
# BED4 file — standard UCSC CpG island download format
# chr start end name
# chr1 10468 11240 CpG: 111
modkit pileup input.bam output.bedmethyl --ref reference.fasta --include-bed cpg_islands.bed4 --modified-bases 5mC --cpg
Result: output.bedmethyl is empty (or contains only a header). No warning is printed.
Expected behaviour
modkit should either:
- Emit a clear warning:
"WARNING: --include-bed file has 4 columns; expected BED3 (chr/start/end) or BED6 (chr/start/end/name/score/strand). Zero positions parsed.", or - Accept BED4 by treating columns 1–3 as the interval and ignoring column 4
Context
This was discovered while using modkit pileup with a standard UCSC CpG island BED file downloaded from the UCSC Table Browser. UCSC CpG island exports are BED4 by default. The silent failure is particularly confusing because the tool exits with code 0 and the output file is created — it just contains no data.
The workaround is to strip column 4 before passing to --include-bed:
cut -f1-3 cpg_islands.bed4 > cpg_islands.bed3
modkit pileup ... --include-bed cpg_islands.bed3
Environment
- modkit version: 0.6.1
- Reported via nf-core/modules PR: https://github.com/nf-core/modules/pull/10341
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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