`Raw.resample` doesn't handle NaNs
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
Start by running the reproduction script in the issue, which builds a RawArray with trailing NaNs and calls raw.resample(500). Find where Raw.resample is implemented in mne-python and check how it treats NaN samples. Done means NaN-containing channels keep NaNs only at the corresponding time points instead of turning the whole channel into NaN. The approach (interpolate, resample, restore NaNs) is the author's suggestion and still needs a maintainer decision.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Description of the problem
Raw.resample turns the entire channel into NaN if even one sample is NaN. This can occur in real-world data, for example, in eye-tracking recordings (blinks, see #11879) or XDF recordings where streams end at different times.
Steps to reproduce
import mne
import numpy as np
sfreq = 1000
data = np.sin(2 * np.pi * 10 * np.arange(10000) / sfreq)[np.newaxis]
data[0, -10:] = np.nan
raw = mne.io.RawArray(data, mne.create_info(1, sfreq, "eeg"))
raw.resample(500)
print(np.isnan(raw.get_data()).mean()) # 1.0
Link to data
No response
Expected results
I think Raw.resample should handle NaN, for example by temporarily filling NaNs with linear interpolation, resampling, and then restoring NaNs at the corresponding locations. Unlike #11408, this approach relies on the data rather than annotations.
I'm happy to open a PR.
Actual results
The entire channel consists of NaN after resampling.
Additional information
Platform Linux-7.2.9-arch1-1-x86_64-with-glibc2.44 (Wayland)
Python 3.12.14 (main, Aug 25 2026, 14:00:49) [Clang 22.1.3 ]
Executable /home/clemens/Projects/mnelab/.venv/bin/python
CPU AMD Ryzen 7 9700X 8-Core Processor (16 cores)
Memory 60.5 GiB
Core
├☑ mne 1.13.2 (latest release)
├☑ numpy 2.5.3 (OpenBLAS 0.3.34.106.0 with 16 threads via pthreads)
├☑ scipy 1.18.1
└☑ matplotlib 3.11.2 (backend=qtagg)
Numerical (optional)
├☑ scikit-learn 1.9.0
├☑ threadpoolctl 3.6.0
├☑ h5io 0.2.5
├☑ h5py 3.16.0
└☐ unavailable numba, nibabel, nilearn, dipy, openmeeg, python-picard, jamica, cupy, pandas
Visualization (optional)
├☑ qtpy 2.4.3 (PySide6=6.11.2)
├☑ pyqtgraph 0.14.0
├☑ mne-qt-browser 0.7.5
└☐ unavailable pyvista, pyvistaqt, vtk, ipympl, ipywidgets, trame, trame_client, trame_server, trame_pyvista, trame_vtk, trame_vuetify
Ecosystem (optional)
├☑ autoreject 0.4.4
├☑ edfio 0.4.17
├☑ pybv 0.8.1
└☐ unavailable mne-bids, mne-nirs, mne-features, mne-connectivity, mne-icalabel, mne-bids-pipeline, neo, eeglabio, curryreader, mffpy, pymef, antio, defusedxml
- 主要言語
- Python
- スター
- 3.5k
- フォーク
- 1.6k
- 平均マージ
- 1日 3時間
- マージ済み PR（30日）
- 74
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
mne-tools/mne-python のほかの issue
-
ENH: Add `description` filter parameter to `Raw.crop_by_annotations()`対応中かも @aman-coder03 が 192 日前に担当しました。 オープンENH
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
mne-tools/mne-python#13743 · コメント 2 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
BUG
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100
mne-tools/mne-python#14420 · コメント 3 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
BUG: fNIRS `interpolate_bads` copies wrong channel when positions are missing対応中かも @kalomak が 2 日前に担当しました。 オープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 20/100
mne-tools/mne-python#14415 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
Add a check for `sklearn` availability to `decoding` module対応中かも @SohamXYZDev が 3 日前に担当しました。 オープン
難易度 3/5 半日 初心者へのやさしさ 35/100
mne-tools/mne-python#14394 · コメント 13 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100
mne-tools/mne-python#14392 · コメント 3 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
mne-tools/mne-python の issue をすべて見る
似ている issue
-
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
aws-samples/sample-per-model-bedrock#261 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 65/100
pwncollege/dojo#1188 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
bug launcher packaging
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
tenstorrent/tt-studio#1426 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
python-attrs/cattrs#796 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信