BUG: c=0 trick for steady state problems
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評価
調査の方向性
src/festim/hydrogen_transport_problem.py の683-699行目から開始し、特に689-693行目の反応チェックを確認してください。提供された fenicsx スクリプトで問題を再現し、各不動種について定常状態のサブドメインがどのように選択されるかを調べてください。種ごとの反応チェックによって PETSc の失敗が防止され、再現が正常に実行されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
In HydrogenTransportProblem we want apply c = 0 to the formulation in steady state in subdomains where immobile species are not involved in a reaction. We do this here by looking in which subdomains each immobile species isn't defined:
However, this will apply $c = 0$ in all the subdomains where there is a reaction, even if this reaction doesn't involve this specific species.
These lines are the issue:
https://github.com/festim-dev/FESTIM/blob/013937a860d72252436118dabcbf75b80ebc5cce/src/festim/hydrogen_transport_problem.py#L689-L693
It should check if the species is in the product of the reaction:
for vol in self.volume_subdomains:
# check reactions
for reaction in self.reactions:
if spe in reaction.product: # <-- check if the species is in the reaction
if vol == reaction.volume:
not_defined_in_volume.remove(vol)
To reproduce the bug, run this on fenicsx:
import festim as F
import numpy as np
my_model = F.HydrogenTransportProblem()
my_model.mesh = F.Mesh1D(
np.concatenate([np.linspace(0, 0.5, 10), np.linspace(0.5, 1, 10)])
)
mat = F.Material(D_0=1, E_D=0.1)
vol1 = F.VolumeSubdomain1D(id=1, material=mat, borders=[0, 0.5])
vol2 = F.VolumeSubdomain1D(id=2, material=mat, borders=[0.5, 1])
surface1 = F.SurfaceSubdomain1D(id=4, x=0)
surface2 = F.SurfaceSubdomain1D(id=5, x=1)
my_model.subdomains = [vol1, vol2, surface1, surface2]
mobile = F.Species(name="H", mobile=True)
trapped = F.Species(name="H_trapped", mobile=False)
trapped2 = F.Species(name="H_trapped", mobile=False)
empty = F.ImplicitSpecies(n=0.5, others=[trapped])
empty2 = F.ImplicitSpecies(n=0.5, others=[trapped2])
my_model.species = [mobile, trapped, trapped2]
my_model.reactions = [
F.Reaction(
reactant=[mobile, empty],
product=[trapped],
k_0=1,
E_k=mat.E_D,
p_0=0.1,
E_p=0.87,
volume=vol1,
),
F.Reaction(
reactant=[mobile, empty2],
product=[trapped2],
k_0=1,
E_k=mat.E_D,
p_0=0.1,
E_p=0.87,
volume=vol2,
),
]
my_model.temperature = 600
my_model.boundary_conditions = [
F.FixedConcentrationBC(subdomain=surface1, species=mobile, value=0),
F.FixedConcentrationBC(subdomain=surface2, species=mobile, value=1),
]
my_model.settings = F.Settings(
atol=1e-10,
rtol=1e-10,
transient=False,
)
my_model.initialise()
my_model.run()
Produces:
Traceback (most recent call last):
File "/home/remidm/FESTIM/mwe_trick.py", line 76, in <module>
my_model.run()
File "/home/remidm/FESTIM/src/festim/problem.py", line 150, in run
self.solver.solve(self.u)
File "/home/remidm/miniconda3/envs/fenicsx-env/lib/python3.12/site-packages/dolfinx/nls/petsc.py", line 51, in solve
n, converged = super().solve(u.x.petsc_vec)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
RuntimeError: Failed to successfully call PETSc function 'KSPSolve'. PETSc error code is: 76, Error in external library
- 主要言語
- Python
- スター
- 136
- フォーク
- 47
- 平均マージ
- 4日 35分
- マージ済み PR（30日）
- 11
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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