Hacktoberfest 2026:メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

load_table consumes enormous amounts of memory on large metadata file

オープン
#3,162 コメント 2 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
初心者へのやさしさ
35/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
静か
技術スタック
aws, python

調査の方向性

pyiceberg/table/metadata.py の 663 行目付近から始めます。ここでは catalog.load_table() が Pydantic の model_validate_json を使用しています。大きなメタデータファイルで memray を使ってピークメモリ使用量を再現してください。ロード中に snapshots と schemas がどのように保持されるかを調査します。完了の条件は、大きなメタデータファイルを大幅に低いピークメモリ使用量でロードでき、最新の snapshot と schema が引き続き利用できることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Apache Iceberg version

0.11.0 (latest release)

Please describe the bug 🐞

Apologies, this is a bit of a fuzzy one right now, but I thought reporting it anyway.

Context:
We're using Iceberg with AWS Glue and AWS S3 as storage. In S3 there are roughly speaking 3 kinds of files (metadata, manifests, and data files). The first one that is read when loading a table via catalog.load_table() is the metadata file. The metadata file contains information on all current* snapshots and schema versions of the table. py-iceberg seems to load these completely into memory.

Issue:
As we worked on the Iceberg table, there were a lot of snapshots created over time and with that a lot of schema versions. This led to the latest metadata file to be grow to ~10MB gzip compressed (or ~250MB uncompressed JSON). When we load this table via catalog.load_table() it consumes ~4GB of memory (total usage of the python process in memray). This is a lot - especially since we only need the latest snapshot and the respective schema version. (Which is probably true for most users I guess.)

Semi-Workaround:
One could try to expire some snapshots, e.g. via Sparks expire_snapshots procedure [https://iceberg.apache.org/docs/1.10.0/spark-procedures/#expire_snapshots], but it will not get rid of the old / unused schemas unless you set clean_expired_metadata as well (which is only supported since 1.10.x, so relatively new).

(Preliminary) Root-Cause:
I believe the issue is that we leverage Pydantic's model_validate_json in https://github.com/apache/iceberg-python/blob/44ce51a939ccbacf9c87ce6593ad43a752b0871b/pyiceberg/table/metadata.py#L663, which loads the whole JSON into memory and then we seem to keep the full TableMetadata object around.

Suggestion:
Would it make sense to parse the JSON not fully into memory and load the needed snapshots and schemas lazy / on demand? (Would be also fine, if that is a configurable option of catalog.load_table())

Remark:
Obviously we could blame this on an un-maintained Iceberg table, but I think it would be good for the pyIceberg lib to be robust against such scenarios, hence why I opened the issue.

Willingness to contribute
  • I can contribute a fix for this bug independently
  • I would be willing to contribute a fix for this bug with guidance from the Iceberg community
  • I cannot contribute a fix for this bug at this time
主要言語
Python
スター
1.1k
フォーク
589
平均マージ
2日 2時間
マージ済み PR(30日)
70

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

apache/iceberg-python のほかの issue

apache/iceberg-python の issue をすべて見る

似ている issue

Python の issue をもっと見る

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。