RobokopU24

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• infores ids not in the registry: robokop-snpeff, metabolomics_workbench, ccidb

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  Biological Context QC

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

  RobokopU24/ORION#447 · 2026年10月20日 に作成

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• object_direction_qualifier 'upregulates' isn't a Biolink enum value (DrugMechDB, SIGNOR edges)

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  Biological Context QC

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 57/100

  RobokopU24/ORION#446 · 2026年10月20日 に作成

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• IntAct nodes: taxon written without a colon (NCBITaxon9606)

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

  RobokopU24/ORION#445 · 2026年10月20日 に作成

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• Data Modeling Follow-Ups to HPOA, OMIM, and Orphanet

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RobokopU24/ORION#434 · 2026年9月28日 に作成

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• Fix taxa

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 22/100

  RobokopU24/ORION#412 · コメント 1 件 · 2026年6月17日 に作成

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• Ubergraph Refactor

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  Source: Ubergraph

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100

  RobokopU24/ORION#405 · 2026年4月30日 に作成

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• Reactome Refactor

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  Source: Reactome

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100

  RobokopU24/ORION#404 · 2026年4月30日 に作成

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• Monarch Refactor

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  Source: Monarch

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 12/100

  RobokopU24/ORION#403 · 2026年4月30日 に作成

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• DrugMechDB Refactor

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  Biological Context QC Source: DrugMechDB

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  RobokopU24/ORION#402 · 2026年4月30日 に作成

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• BindingDB Refactor

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  Source: BindingDB

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100

  RobokopU24/ORION#401 · 2026年4月30日 に作成

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• Ubergraph Refactor

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  Source: Ubergraph

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 10/100

  RobokopU24/ORION#400 · 2026年4月30日 に作成

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• Reactome Refactor

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 10/100

  RobokopU24/ORION#399 · 2026年4月30日 に作成

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• Monarch Refactor

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 5/100

  RobokopU24/ORION#398 · 2026年4月30日 に作成

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• DrugMechDB Refactor

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  Biological Context QC Source: DrugMechDB

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 12/100

  RobokopU24/ORION#397 · 2026年4月30日 に作成

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• BindingDB Refactor

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  Source: BindingDB

  難易度 4/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 12/100

  RobokopU24/ORION#396 · 2026年4月30日 に作成

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• Improve merging customization

  再び着手できるかも @EvanDietzMorris が 204 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Automation & CI/CD Biological Context QC

  RobokopU24/ORION#385 · 担当者 1 名 · 2026年4月1日 に作成

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• Automate Graph Diffs

  再び着手できるかも @hina-shah が 204 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Automation & CI/CD

  RobokopU24/ORION#384 · 担当者 3 名 · 2026年4月1日 に作成

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• Automate Graph Builds

  再び着手できるかも @hina-shah が 204 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Automation & CI/CD

  RobokopU24/ORION#383 · 担当者 1 名 · 2026年4月1日 に作成

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• Interesting propteries to add

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 205 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation Data Sources & Curation

  RobokopU24/ORION#381 · 担当者 1 名 · 2026年3月31日 に作成

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• Remove dependency on environment variables within the code.

  再び着手できるかも @hina-shah が 315 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Maintenance Maintenance & Tech Debt Redesign

  RobokopU24/ORION#371 · 担当者 1 名 · 2025年12月11日 に作成

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• ubergraph has_part->has_symptom?

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 354 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Source: Ubergraph

  RobokopU24/ORION#369 · 担当者 1 名 · 2025年11月2日 に作成

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• Versioning CFDE data

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  Source: CFDE

  難易度 3/5 半日 初心者へのやさしさ 35/100

  RobokopU24/ORION#363 · 2025年10月16日 に作成

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• Order node lables

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  Enhancement Enhancements & New Features Good First Issue Medium Priority

  難易度 3/5 半日 初心者へのやさしさ 30/100

  RobokopU24/ORION#345 · 2025年6月11日 に作成

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• Ubergraph IRI to curie conversions

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 499 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Data Curation Source: Ubergraph

  RobokopU24/ORION#342 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年6月10日 に作成

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• BINDING DB pain

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  Source: BindingDB Upstream Dependancy

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 18/100

  RobokopU24/ORION#339 · 2025年6月9日 に作成

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• Disgenet score

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  Data Curation Medium Priority Source Review Source: DisGeNET

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

  RobokopU24/ORION#330 · コメント 4 件 · 2025年5月16日 に作成

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• There is no test for the extractor code

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 524 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Maintenance Maintenance & Tech Debt

  RobokopU24/ORION#328 · 担当者 1 名 · 2025年5月16日 に作成

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• Pointing Old Repo to New Repo

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  documentation Low Priority

  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 35/100

  RobokopU24/ORION#324 · 2025年5月15日 に作成

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• Use constants when applicable

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  Enhancements & New Features High Priority Refactor

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  RobokopU24/ORION#312 · コメント 1 件 · 2025年5月14日 に作成

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• Replace Node and Edge dictionaries with real objects.

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  Low Priority Maintenance Maintenance & Tech Debt Refactor

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

  RobokopU24/ORION#311 · 2025年5月14日 に作成

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• More Generalization Graph Operations

  再び着手できるかも @cbizon が 526 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Enhancement Enhancements & New Features High Priority Maintenance

  RobokopU24/ORION#310 · 担当者 2 名 · 2025年5月14日 に作成

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• Porting/Translating ORION to windows?

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  bug Enhancement Enhancements & New Features

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 20/100

  RobokopU24/ORION#306 · コメント 6 件 · 2025年5月14日 に作成

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• Review Monarch ingest

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 524 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation High Priority Source: Monarch

  RobokopU24/ORION#305 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年5月14日 に作成

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• Sorting all attribute lists

  再び着手できるかも @EvanDietzMorris が 555 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Enhancement Enhancements & New Features Good First Issue Low Priority

  RobokopU24/ORION#303 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年4月15日 に作成

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• SGD parser broken

  再び着手できるかも @hina-shah が 526 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bug Medium Priority Refactor Source: SGD

  RobokopU24/ORION#298 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2025年3月27日 に作成

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• HPO-annotations (from Monarch) and the quotient property

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 576 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation Refactor Source: Monarch

  RobokopU24/ORION#296 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2025年3月25日 に作成

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• Predicate selection in Reactome

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 576 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation Refactor Source: Reactome

  RobokopU24/ORION#295 · 担当者 1 名 · 2025年3月25日 に作成

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• Quality control of predicates in ROBOKOP

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 576 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation Data Sources & Curation Refactor

  RobokopU24/ORION#294 · コメント 1 件 · 担当者 2 名 · 2025年3月25日 に作成

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• LINCS as a primary source vs LINCS via Heitonet

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 595 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation High Priority Source: LINCS

  RobokopU24/ORION#290 · 担当者 1 名 · 2025年3月6日 に作成

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• Create a prospective schema for source metadata

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  Medium Priority Metadata Refinement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100

  RobokopU24/ORION#289 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2025年3月3日 に作成

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• Create a schema for ORION-created metadata files

  オープン

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  Medium Priority Metadata Refinement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

  RobokopU24/ORION#288 · 2025年3月3日 に作成

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• NER

  再び着手できるかも @hyi が 526 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Automation & CI/CD Low Priority

  RobokopU24/ORION#280 · コメント 1 件 · 担当者 2 名 · 2025年1月24日 に作成

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• Handle node and edge properties to ensure biolink compliance

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 680 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC Data Curation Data Sources & Curation High Priority

  RobokopU24/ORION#273 · 担当者 1 名 · 2024年12月11日 に作成

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• Several hundred treats edges missing from DrugCentral ingest

  再び着手できるかも @eKathleenCarter が 750 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Data Curation Low Priority Source: DrugCentral

  RobokopU24/ORION#261 · コメント 16 件 · 担当者 1 名 · 2024年9月20日 に作成

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• Graph Spec improvements

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  Low Priority Maintenance Medium Priority Metadata Refinement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RobokopU24/ORION#227 · コメント 2 件 · 2024年5月10日 に作成

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• Biolink Model usage

  オープン

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  Enhancements & New Features High Priority Refactor

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  RobokopU24/ORION#222 · コメント 1 件 · 2024年5月2日 に作成

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• Reactome Ingest Issue

  再び着手できるかも @wumirose が 526 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Biological Context QC bug Data Curation Medium Priority Source: Reactome

  RobokopU24/ORION#189 · コメント 3 件 · 担当者 2 名 · 2023年11月13日 に作成

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• MCAT and USMLE question-answer datasets for benchmarking?

  再び着手できるかも @cbizon が 1158 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Maintenance & Tech Debt

  RobokopU24/ORION#178 · 担当者 1 名 · 2023年8月21日 に作成

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• We need to update Reactome to include some RNA(Sequence) Identifiers

  オープン

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  Enhancement Medium Priority Source: Reactome

  難易度 3/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 18/100

  RobokopU24/ORION#160 · コメント 1 件 · 2023年6月12日 に作成

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• Overhaul deployment

  再び着手できるかも @EvanDietzMorris が 526 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  Low Priority Maintenance & Tech Debt Redesign

  RobokopU24/ORION#155 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2023年4月12日 に作成

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