Allow input references for `Aligner`

オープン
#130 コメント 0 件 リアクション 0 件 担当者 1 名 GitHub で見る

@hannahbaumann がすでに取り組んでいます。

2026年10月9日 から。

評価

難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
初心者へのやさしさ
55/100
issue の種類
機能追加
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
活発
技術スタック
python
領域
data

調査の方向性

Start by locating Aligner and reading its initialization and RMSD-fitting flow, especially how it obtains reference coordinates relative to periodic-boundary-condition transformations. The issue suggests accepting input references, but does not identify files, tests, or the desired interface; first clarify those details with the maintainers. Done means reference coordinates can be supplied at the appropriate point so fitting does not use a broken structure.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Aligner gets reference coordinates in init, but that could be before PBC transformations are applied, potentially using a broken protein structure for RMSD fitting.

主要言語
Python
スター
22
フォーク
3
平均マージ
24分
マージ済み PR(30日)
2

環境構築

このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

OpenFreeEnergy/openfe_analysis のほかの issue

OpenFreeEnergy/openfe_analysis の issue をすべて見る

似ている issue

Python の issue をもっと見る

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。