OpenFreeEnergy/feflow

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• Testing HTF end states for protein mutation

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  OpenFreeEnergy/feflow#134 · 2025年12月18日 に作成

• data.py clean-up

  再び着手できるかも @ijpulidos が 469 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#122 · 担当者 1 名 · 2025年6月27日 に作成

• Improve exception handling for protein mutations

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  OpenFreeEnergy/feflow#121 · コメント 1 件 · 2025年6月27日 に作成

• Protein Mutation Mapping fails on Complex Phase using Apo Mapping JSON file

  再び着手できるかも @ijpulidos が 439 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#120 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年6月16日 に作成

• Community: Protein Mutations

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  openfe

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 10/100

  OpenFreeEnergy/feflow#119 · 2025年6月1日 に作成

• Detect when the transformation is the same and output zero as the FE estimate

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  enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  OpenFreeEnergy/feflow#108 · 2025年2月11日 に作成

• Add API docs and a userguide

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#107 · 2025年1月31日 に作成

• Speeding up the HTF

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#105 · コメント 4 件 · 2025年1月7日 に作成

• Add `num_cycle_laps` setting to `NonEquilibriumCyclingProtocol`, allowing for additional NEQ iterations within each `CycleUnit`

  再び着手できるかも @ijpulidos が 663 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#102 · コメント 9 件 · 担当者 1 名 · 2024年12月12日 に作成

• Modularize parameterization, joining topologies and creating systems

  再び着手できるかも @ijpulidos が 668 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#101 · コメント 7 件 · 担当者 1 名 · 2024年12月11日 に作成

• Utility functions to acquire components in a system

  再び着手できるかも @ijpulidos が 668 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#100 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年12月11日 に作成

• Checking states compatibility

  再び着手できるかも @ijpulidos が 668 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#99 · 担当者 1 名 · 2024年12月11日 に作成

• Add tests for different solvent box types for NECycling Protocol

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#91 · 2024年9月26日 に作成

• Fail when multiple alchemical components are detected

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  OpenFreeEnergy/feflow#83 · 2024年9月16日 に作成

• Atom shifting mapping for protein mutations

  再び着手できるかも @ijpulidos が 711 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#82 · 担当者 1 名 · 2024年9月16日 に作成

• Test insertion codes

  再び着手できるかも @ijpulidos が 744 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#81 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 · 2024年9月16日 に作成

• Create a ProteinMapping subclass

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#74 · コメント 1 件 · 2024年9月16日 に作成

• Add duecredit

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  OpenFreeEnergy/feflow#71 · 2024年9月13日 に作成

• Support for different protein conformations in the protocol

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  OpenFreeEnergy/feflow#69 · コメント 1 件 · 2024年9月12日 に作成

• Try to document where the protocols are useful in projects

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  OpenFreeEnergy/feflow#68 · 2024年9月12日 に作成

• Create test TestNonequilibriumCyclingProtocol that uses Gaussian random numbers to quickly generate analyzable test data

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  component-protocol

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  OpenFreeEnergy/feflow#67 · 2024年9月11日 に作成

• `NonEquilibriumCyclingProtocol` : Add ability to have multiple iterations/laps within a single `CycleUnit`?

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  component-protocol enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#66 · コメント 1 件 · 2024年9月11日 に作成

• Implement NEq switching by transforming current NEq Cycling

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  enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  OpenFreeEnergy/feflow#65 · 2024年9月4日 に作成

• Failing `test_unsampled_endstate_energies_GPU` test

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenFreeEnergy/feflow#63 · 2024年8月27日 に作成

• Add systems, components and mapping validation when creating a protocol

  再び着手できるかも @ijpulidos が 711 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  enhancement

  OpenFreeEnergy/feflow#54 · 担当者 1 名 · 2024年7月26日 に作成

• Stabilize settings before release

  再び着手できるかも @ijpulidos が 831 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#51 · 担当者 1 名 · 2024年7月1日 に作成

• Allow passing a `json` file for forcefield parameters cache

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  OpenFreeEnergy/feflow#50 · コメント 1 件 · 2024年6月25日 に作成

• Test against lastest OpenFF release instead of GAFF

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  OpenFreeEnergy/feflow#48 · 2024年6月4日 に作成

• refactor HTF `softcore_LJ` to understand literals instead of bools

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  OpenFreeEnergy/feflow#42 · リアクション 1 件 · 2024年3月24日 に作成

• [NEQCycling] User defined LocalEnergyMinimizer steps

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  OpenFreeEnergy/feflow#41 · 2024年3月19日 に作成

• Enable settings for choosing partial charge generation method

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  OpenFreeEnergy/feflow#39 · 2024年3月13日 に作成

• Setup Unit should work with different integrators

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  OpenFreeEnergy/feflow#36 · 2024年3月9日 に作成

• Integrate code formatting pre-commit hooks in CI

  再び着手できるかも @ijpulidos が 947 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#34 · 担当者 1 名 · 2024年3月6日 に作成

• Not requiring perses for testing hybrid topology implementation

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  OpenFreeEnergy/feflow#30 · 2024年2月29日 に作成

• Miscellaneous HTF improvements

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  enhancement

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  OpenFreeEnergy/feflow#29 · コメント 1 件 · 2024年2月27日 に作成

• Protocol : Times Square Sampling

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  component-protocol

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  OpenFreeEnergy/feflow#25 · 2024年1月31日 に作成

• Migrate openmm specific settings from upstream

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  OpenFreeEnergy/feflow#22 · 2023年12月13日 に作成

• Add duecredit support

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  OpenFreeEnergy/feflow#18 · 2023年12月4日 に作成

• Add user selection of charge backends

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  OpenFreeEnergy/feflow#17 · 2023年11月28日 に作成

• Implement ATM protocol

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  OpenFreeEnergy/feflow#15 · 2023年11月28日 に作成

• Integrate REST capable HTF from perses into FEflow

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  OpenFreeEnergy/feflow#8 · コメント 1 件 · 2023年11月6日 に作成

• Alchemical settings migration

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  OpenFreeEnergy/feflow#6 · リアクション 1 件 · 2023年10月13日 に作成

• Extend protocols results with helpful quantities for analysis

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  OpenFreeEnergy/feflow#5 · コメント 2 件 · 2023年10月10日 に作成

• Fix/recover self-hosted GPU CI

  対応中かも @ijpulidos が 414 日前に担当しました。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#126 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年8月21日 に作成

• Add `extends` support to the `NonEquilibriumCyclingProtocol`

  対応中かも @ijpulidos が 752 日前に担当しました。 オープン

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  OpenFreeEnergy/feflow#2 · コメント 1 件 · 担当者 2 名 · 2023年9月27日 に作成