drug_concept_id - "... ETL to provide as much information as possible from the data" - where to cut off validity?
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- html
調査の方向性
Issue にリンクされている CDM 5.4 drug_exposure のドキュメントから始め、drug_concept_id と、可能な限り多くの情報を使用するというガイダンスに重点を置いてください。次に、妥当性の例について SICdb の論文を確認し、その後、ドキュメントで示すべき cutoff と文言を決定してください。完了とは、信頼できない薬剤詳細の扱いについて、合意済みで文書化された推奨事項が得られていることを意味します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I am an ICU dataset developer and publisher, with a research focus on data bias in routinely collected clinical data. When transforming the dataset to the OMOP CDM, I encountered the following issue.
Documentation notes, ETL should use "as much information as possible from the data" [1]. Nevertheless, it gives no guidance on data validity levels, although data that is not used in clinical practice is often highly invalid.
An example is the granularity of drug_concept_id.
Validity Estimation: (absolute numbers represent Salzburg University Hospital ICU Data (SICdb[2]) 2013-2021)
Ingredient: 3.8 % invalid entries (outliers etc.), (MAR estimated ~1%, MNAR probably insigificant)
Clinical Drug Component: Estimated 5-10% invalid data
Branded X: Estimated >50-80% invalid data
Example for invalidity Ingredient: 1 kg of paracetamole documented (wrong unit)
Example for Clinical Drug Component: 1.5 Units of Enoxaparin 40 mg applied (when changing dosage, product is not updated)
For Branded Drugs, as long as no closed-loop documentation is established, it is actually quite unlikely the exact product is applied. At least in Austria almost every branded drug changes regularily, different brands in same drawer. Without closed-loop it is not possible to document this.
At least at my units, the product information in templates is (almost at the point of setting up) outdated.
So, guidance would be needed. "...as much information as possible from the data" or "...as much reliable information as possible from the data", and where to cut of?
This may appliy to other topics too, but drug_concept_id is a good example.
- 主要言語
- HTML
- スター
- 1.1k
- フォーク
- 515
- 平均マージ
- 8日 3時間
- マージ済み PR（30日）
- 4
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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