Dimple anode viewer does not focus on blobs
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 65/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
- 技術スタック
- python
調査の方向性
Look for the dimple anode viewer code, likely in a file related to dimple or viewer. The provided helper function shows how to focus on an isosurface. Find where the viewer currently focuses on the nearest atom and modify it to use the isosurface focus method. Test by running the viewer with anomalous density blobs to ensure the view centers on the blob.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The dimpe anode viewer focusses on the nearest atom to the blob. In cases of unmodelled anomalous density, the blob can be outside of the focussed view as it picks the nearest atom.
Encountered a similar problem when making the metal_iid viewer and solved it with this helper function, which focusses on the isosurface itself rather than the nearest atom:
def generate_isosurfaces_and_focus_on_current_peak(
builder: mvs.Builder,
peaks: list[Peak],
focus_peak_num: int,
isovalue=5,
):
for peak_num, _ in enumerate(peaks, start=1):
# Add anomalous double difference map for the current peak
ccp4 = builder.download(url=f"map{peak_num}").parse(format="map")
isosurface_peak = (
ccp4.volume()
.representation(
type="isosurface",
relative_isovalue=isovalue,
show_wireframe=True,
show_faces=False,
)
.color(color="#da21fa")
.opacity(opacity=0.25)
)
if peak_num == focus_peak_num:
isosurface_peak.focus() # focus on the current peak site
# Add 2FO-FC map for the current peak
ccp4_2fo_fc = builder.download(url=f"fmap{peak_num}").parse(format="map")
ccp4_2fo_fc.volume().representation(
type="isosurface",
relative_isovalue=1.5,
show_wireframe=True,
show_faces=False,
).color(color="#2f78d7").opacity(opacity=0.25)
def generate_isosurfaces_and_focus_on_current_peak(
builder: mvs.Builder,
peaks: list[Peak],
focus_peak_num: int,
isovalue=5,
):
for peak_num, _ in enumerate(peaks, start=1):
# Add anomalous double difference map for the current peak
ccp4 = builder.download(url=f"map{peak_num}").parse(format="map")
isosurface_peak = (
ccp4.volume()
.representation(
type="isosurface",
relative_isovalue=isovalue,
show_wireframe=True,
show_faces=False,
)
.color(color="#da21fa")
.opacity(opacity=0.25)
)
if peak_num == focus_peak_num:
isosurface_peak.focus() # focus on the current peak site
# Add 2FO-FC map for the current peak
ccp4_2fo_fc = builder.download(url=f"fmap{peak_num}").parse(format="map")
ccp4_2fo_fc.volume().representation(
type="isosurface",
relative_isovalue=1.5,
show_wireframe=True,
show_faces=False,
).color(color="#2f78d7").opacity(opacity=0.25)
- 主要言語
- Python
- スター
- 2
- フォーク
- 3
- 平均マージ
- 1日 14時間
- マージ済み PR（30日）
- 5
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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